ในปี 1988 เซก้าได้ผลิตเครื่องเล่นเกม 16 บิทรุ่นใหม่ที่ชื่อ"เมกะไดรฟ์"ออกวางตลาด เครื่องเมกะไดรฟ์มีประสิทธิภาพสูงกว่าเครื่องแฟมิคอมของนินเทนโด ในช่วงแรกทางนินเทนโดยังลังเลที่จะเริ่มโครงการพัฒนาเครื่องเกมรุ่นใหม่ แต่ในที่สุดก็ตัดสินใจพัฒนาเครื่องเกมรุ่นใหม่มาทดแทนเครื่องแฟมิคอมที่เริ่มจะล้าสมัยแล้ว

เครื่องซูเปอร์นินเทนโดออกแบบโดยนาย มาซายูกิ อุเอมูระ ผู้ซึ่งเป็นผู้พัฒนาเครื่องแฟมิคอม และเครื่องซูเปอร์นินเทนโดได้ออกวางจำหน่ายในญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกในปีค.ศ. 1990 ในราคา 25,000 เยน ซึ่งการวางขายก็ได้ประสบความสำเร็จอย่างรวดเร็ว สามารถขายได้ถึง 300,000 เครื่องภายในไม่กี่ชั่วโมงแรก สร้างกระแสในประเทศญี่ปุ่นเป็นอย่างมาก เครื่องซูเปอร์แฟมิคอมขายดีมากจนถึงกับไปดึงดูดความสนใจของพวกยากูซ่า ทำให้ทางนินเทนโดถึงกับต้องตัดสินใจเลื่อนย้ายสินค้าในตอนกลางคืนเพื่อป้องกันการปล้นชิงเลยทีเดียว ความสำเร็จอย่างล้นหลามนี้ ทำให้นินเทนโดยังคงรักษาตำแหน่งผู้นำในวงการอุตสาหกรรมวิดีโอเกมเอาไว้ได้ เครื่องซูเปอร์นินเทนโดออกวางขายในอเมริกาในปี 1991 โดยทางนินเทนโดได้ออกแบบรูปร่างของเครื่องใหม่ และเปลี่ยนชื่อใหม่เป็น ซูเปอร์ นินเทนโด เอนเตอร์เทนเม้นท์ ซิสเทม (SNES)ซึ่งก็ประสบความสำเร็จอย่างสูงเช่นกัน