กลุ่มเจไอออกมาประกาศความรับผิดชอบการลอบวางระเบิดโรงแรมเจ ดับเบิลยู แมริออต ในกรุงจาการ์ตา ประเทศอินโดนีเซีย เมื่อ 5 สิงหาคม พ.ศ. 2543 และคาดว่าอยู่เบื้องหลังกรวางระเบิดในสถานบันเทิงที่เกาะบาหลีเมื่อ 12 ตุลาคม พ.ศ. 2545 ในเดือนมิถุนายน พ.ศ. 2546 เจ้าหน้าที่ไทยจับกุมตัวนายฮัมบาลีที่เป็นแกนนำของกลุ่มเจไอ และคาดว่ามีส่วนพัวพันการลอบวางระเบิดในอินโดนีเซียและฟิลิปปินส์หลายครั้ง[5]

พื้นที่ปฏิบัติการของกลุ่มเจไอ อยู่ทั่วภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ทั้งในอินโดนีเซีย, มาเลเซีย, สิงคโปร์ และอาจจะเคลื่อนไหวอยู่ในฟิลิปปินส์ และไทย โดยเฉพาะพื้นที่ที่อำนาจของรัฐบาลเข้าไปไม่ถึง, พื้นที่ที่ขาดแคลนเจ้าหน้าที่บ้านเมือง หรือมีการทุจริตคอร์รัปชั่นในหมู่เจ้าหน้าที่ และพื้นที่ติดทะเลที่มีเขตน่านน้ำที่เปิดกว้างของหลายประเทศ ทำให้กลุ่มเจไออาศัยข้อจำกัดเหล่านี้ เป็นช่องทางในการปฏิบัติการได้อย่างในหลายประเทศได้โดยสะดวก

เจมาห์ อิสลามิยาห์ ในความเป็นกลุ่ม หรือสมาชิกเพียงบางคน น่าจะเกี่ยวข้องกับเหตุก่อการร้ายหลายครั้ง ประกอบด้วย :

• การโจมตีโรงแรม เจ ดับเบิลยู มาริอ็อต กลางกรุงจาการ์ต้า เมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2546 โดยใช้รถยนต์บรรทุกระเบิด (Car Bomb) เป็นอาวุธ ซึ่งทำให้มีผู้เสียชีวิต 12 คน
• การลอบวางระเบิดไน๊ท์คลับ ที่เกาะบาหลี เมื่อเดือนตุลาคม พ.ศ. 2545 ซึ่งทำให้มีผู้เสียชีวิต 202 คน ซึ่งผู้เสียชีวิตส่วนใหญ่เป็นนักท่องเที่ยวจากออสเตรเลียและประเทศอื่น ๆ โดย นายอัมโรซี่ บิน เนอร์ฮาสยิม ช่างเทคนิค จากทางตะวันออกของเกาะชวา วัย 41 ปี ถูกพิพากษาลงโทษ เมื่อวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2545 ในฐานะที่เป็นบุคคลที่ซื้อรถยนต์คันที่ใช้บรรทุกระเบิด และเป็นผู้รับผิดชอบในการจัดซื้อและลำเลียงสารเคมีที่เป็นส่วนประกอบของระเบิดส่วนใหญ่ นายอัมโรซี่ เป็นผู้ต้องสงสัยคนแรกที่ถูกตัดสินลงโทษ จากจำนวนผู้ต้องสงสัย 33 คน ที่ถูกจับกุมในกรณีการก่อการร้ายที่เกาะบาหลี
• กรณีการโจมตีโบสถ์คริสต์หลายแห่ง เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2543 ซึ่งทำให้มีผู้เสียชีวิต 18 คน หน่วยข่าวกรองของประเทศอาเซียนและสหรัฐ เชื่อว่า นายฮามบาลี่ มีส่วนเกี่ยวข้องกับโดยตรงการก่อการร้ายระลอกนี้ และทางการอินโดนีเซียก็ใช้เรื่องนี้เป็นข้ออ้างในการควบคุมตัวนายอาบู บาการ์ บาเชียร์ ไปสอบปากคำ
• การลอบวางระเบิดที่เกิดขึ้นหลายระลอกที่กรุงมะนิลา ประเทศฟิลิปปินส์ เมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2545 โดยกระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯ ระบุว่า นายฮามบาลี่ ช่วยเหลือในเรื่องการวางแผน ซึ่ง นายเฟอร์ตู เราะห์มาน อัลกอซี ลูกศิษย์คนใกล้ชิดของ นายอาบู บาการ์ บาเชียร์ ยอมสารภาพว่าเกี่ยวข้องกับการลอบวางระเบิด และเมื่อเดือนเมษายน พ.ศ. 2545 ก็ถูกตัดสินลงโทษในข้อหามีวัตถุระเบิดไว้ในครอบครองโดยผิดกฎหมาย ซึ่งเป็นข้อหาที่ไม่เกี่ยวข้องกับคดีการก่อการร้าย
• กระทรวงการต่างประเทศสหรัฐฯ ระบุว่า นายฮามบาลี่ ช่วยเหลือในเรืองการวางแผนก่อการร้ายที่จะระเบิดเครื่องบินโดยสารของสายการบินสหรัฐฯ จำนวน 11 ลำ ในปฏิบัติการ Oplan Bojinka เมื่อปี พ.ศ. 2538
• นอกเหนือจากนี้ เจาห์ อิสลามิยาห์ ยังเกี่ยวข้องกับแผนโจมตีสถานเอกอัครราชทูตสหรัฐฯ อังกฤษ และออสเตรเลีย ในประเทศสิงคโปร์ เมื่อปี พ.ศ. 2544 ซึ่งแผนดังกล่าวถูกสกัดกั้นได้ก่อนที่จะมีการลงมือ