ฐานบินวัฒนานครเคยเกิดอุบัติเหตุขึ้นเมื่อวันที่ 8 มกราคม พ.ศ. 2548 ซึ่งตรงกับวันเด็กแห่งชาติในปีนั้น หลังจากการจัดแสดงเครื่องบินในวันเด็กเสร็จสิ้น กองทัพอากาศได้นำเครื่องบินฝึกแบบ CT4 A ออกเดินทางจากฐานบินวัฒนานครกลับสู่ฐานทัพอากาศดอนเมือง โดยนาวาอากาศเอก เกษม วงษ์หงสา ครูฝึกที่เดินทางมาจากฐานทัพอากาศดอนเมือง โดยระหว่างการนำเครื่องขึ้นจากฐานบินและไต่ระดับขึ้นไปสูงจากพื้น 50 เมตรและหันหัวกลับไปยังกรุงเทพมหานคร เครื่องบินเกิดเสียความทรงตัวและตกลงกระแทกพื้นจนเกิดระเบิดจนเพลิงลุกไหม้อย่างรวดเร็ว ส่งผลให้ นาวาอากาศเอก เกษม วงษ์หงสา ครูฝึกที่ทำหน้าที่นักบิน และเด็กชาย จิรพล นนท์ศิริ อายุ 16 ปี บุตรชายของผู้บังคับการฝูงบิน 206 ในขณะนั้นที่โดยสารไปด้วยเสียชีวิต[30]