ไม่มีข้อตกลงที่ตายตัวว่าภาษาแอโฟรเอชีแอติกดั้งเดิมอยู่ที่ใด เชื่อกันว่าภาษานี้มีจุดกำเนิดในแอฟริกาตะวันออกเฉียงเหนือ[4][5] นักวิชาการบางคนเสนอว่าอยู่ที่เอธิโอเปียเพราะบริเวณดังกล่าวมีภาษาในกลุ่มนี้หลากหลายมากในพื้นที่ทางภูมิศาสตร์ที่ใกล้เคียงกัน นักวิชาการกลุ่มอื่นเสนอว่าอยู่ตามชายฝั่งตะวันตกของทะเลแดง และในสะฮารา มีผู้เสนอว่าน่าจะมีจุดกำเนิดที่บริเวณเลอวานต์ซึ่งเป็นบริเวณที่พบภาษากลุ่มเซมิติกแพร่กระจายอยู่มาก

ภาษากลุ่มเซมิติกเป็นภาษาตระกูลแอโฟรเอชีแอติกเพียงกลุ่มเดียวที่อยู่นอกทวีปแอฟริกา นักวิชาการบางส่วนเชื่อว่า ในยุคประวัติศาสตร์หรือใกล้เคียง ผู้พูดภาษาเซมิติกข้ามจากอาระเบียใต้กลับสู่เอธิโอเปียและเอริเทรีย ในขณะที่อีกมุมมองหนึ่งเห็นว่าภาษากลุ่มเซมิติกมีจุดกำเนิดในเอธิโอเปีย [6]มุมมองที่สามอาศัยความคล้ายคลึงกันระหว่างภาษากลุ่มเซมิติกกับภาษาอียิปต์โบราณ สันนิษฐานว่าภาษาทั้งสองนี้อาจมีบรรพบุรุษร่วมกัน โดยมีผู้พูดอยู่ในบริเวณลุ่มแม่น้ำไนล์ข้ามสู่คาบสมุทรไซนายเมื่อประมาณ 5,457 - 5,257 ปีก่อนพุทธศักราช ผู้คนที่เป็นนักล่าในวัฒนธรรมเอล-ฮารีฟและดำรงชีวิตด้วยการร่อนเร่เลี้ยงสัตว์ กระจายตามชายฝั่งทะเลแดงและบริเวณเลอวานต์ทางชายขอบของดินแดนพระจันทร์เสี้ยวอันสมบูรณ์ได้พัฒนาวัฒนธรรมเฉพาะกลุ่มขึ้นมา

ภาษาที่มีวรรณยุกต์พบในภาษากลุ่มโอโตก ชาด และคูชิติก และจาก Ehret (1996) ระบุว่าภาษากลุ่มเซมิติก เบอร์เบอร์ และภาษาอียิปต์ไม่ใช้ความแตกต่างของระดับเสียงในการแยกหน่วยเสียง

ความหลากหลายที่พบภายในตระกูลภาษานี้ และการที่ไม่มีคำศัพท์ใช้ร่วมกันในหัวข้อทางเกษตรกรรม จึงเป็นไปได้ว่าผู้พูดภาษาตระกูลนี้แยกจากกันก่อนการเข้าสู่ยุคเกษตรกรรม มีคำศัพท์ใช้ร่วมกันบ้าง เช่นคำศัพท์เกี่ยวกับภาชนะ Ehret [7]อธิบายว่าภาษาตระกูลแอโฟรเอชีแอติกพัฒนาขึ้นมาจากชีวิตประจำวันในการทำมาหากินในเอธิโอเปีย แต่ก็มีผู้เสนอว่าคำเหล่านี้พบเฉพาะในภาษากลุ่มคูชิติกและโอมอติก และไม่พบคำที่มีต้นกำเนิดร่วมกันทางเกษตรกรรม ถ้าให้มีวิถีชีวิตแบบช่างปั้นหม้อกว้างขวางในสะฮาราเมื่อ 7,457 ปีก่อนพุทธศักราช [8]และเกษตรกรรมในช่วงท้ายของยุคหินเกิดขึ้นเมื่อ 4,547 ปีก่อนพุทธศักราช [9]ช่วงนี้น่าจะเป็นช่วงที่ภาษาแอโฟรเอชีแอติกดั้งเดิมเกิดการกระจายตัว เป็นที่รู้กันว่าเกษตรกรในเอธิโอเปียเคลื่อนย้ายเข้าสู่แผ่นดินที่สูงกว่าของนิวเบีย ซูดาน และจากความพยายามถอดความจารึกอักษรเมรอยติกพบว่ามีลักษณะของสำคัญของภาษาตระกูลแอโฟรเอชีแอติกอยู่ด้วย นักภาษาศาสตร์ Lionel Bender เสนอว่ารอบนอกของดินแดนนี้ทางตอนใต้ของลุ่มน้ำไนล์เป็นศูนย์กลางของการแพร่กระจายของภาษาตระกูลนี้ จุดวิกฤติของยุคนี้คือสะฮาราที่มีความอุดมสมบูรณ์ด้วยแม่น้ำและทะเลสาบ การแพร่กระจายตัวออกไปอาจมีสาเหตุมาจากความแห้งแล้งของสะฮารา]]"[10][11]