นักวิชาการในยุคกลาง เช่นราวพุทธศตวรรษที่ 14 มักเชื่อมโยงสาขาต่าง ๆ ของตระกูลภาษาแอโฟรเอชีแอติกเข้าด้วยกัน นักไวยากรณ์ภาษาฮีบรู ยูดะห์ อิบน์ กูรอยศ์ แห่งติอาเรตในแอลจีเรียเชื่อว่ามีความสัมพันธ์กันระหว่างภาษากลุ่มเบอร์เบอร์และภาษากลุ่มเซมิติก (ซึ่งใช้ภาษาฮีบรู ภาษาอาหรับและภาษาอราเมอิกเป็นตัวแทน)

ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 24 นักวิชาการจากยุโรปเริ่มพบความสัมพันธ์มากขึ้น เช่นใน พ.ศ. 2387 Th. Benfey เสนอว่าภาษาในตระกูลนี้ประกอบด้วยภาษากลุ่มเซมิติก ภาษากลุ่มเบอร์เบอร์ และภาษากลุ่มคูชิติก (ภายหลังเรียกว่าภาษากลุ่มเอธิโอปิก) ในปีเดียวกัน T.N. Newman เสนอความสัมพันธระหว่างภาษากลุ่มเซมิติกกับภาษาฮัวซา แต่ยังเป็นข้อโต้แย้งเรื่อยมา จนกระทั่ง Friedrich Muller ตั้งชื่อภาษาตระกูลนี้ว่า ตระกูลภาษาฮามิโต-เซมิติกเมื่อ พ.ศ. 2419 โดยระบุว่าภาษาตระกูลนี้ประกอบด้วยภาษากลุ่มเซมิติกและภาษากลุ่มฮามิติก (ประกอบด้วยภาษาอียิปต์ ภาษากลุ่มเบอร์เบอร์ และภาษากลุ่มคูชิติก โดยตัดภาษากลุ่มชาดออกไป)

Leo Reinisch (1909) เสนอให้เชื่อมโยงภาษากลุ่มชาดกับภาษากลุ่มคูชิติกในขณะที่ให้ภาษาอียิปต์กับภาษากลุ่มเซมิติกมีความห่างไกลกันมากขึ้น Marcel Cohen (1924) ปฏิเสธแนวคิดการแยกกลุ่มย่อยฮามิติก เพิ่มภาษากลุ่มชาดและเสนอชื่อภาษาตระกูลนี้ว่าตระกูลภาษาแอโฟรเอชีแอติก ซึ่งนักวิชาการส่วนใหญ่ยอมรับการแบ่งนี้ ใน พ.ศ. 2512 Harold Fleming เสนอให้รวมภาษากลุ่มโอมอติกเป็นอีกสาขาหนึ่ง นอกจากนั้น นักวิชาการส่วนใหญ่ยังตั้งคำถามเกี่ยวกับการรวมภาษาเบยาเข้าในภาษากลุ่มคูชิติก

โดยสรุป การแบ่งสาขาย่อยของภาษาตระกูลนี้ เป็นดังนี้

• การจัดของ Ehret มี ภาษาอียิปต์ ภาษากลุ่มเบอร์เบอร์ และภาษากลุ่มเซมิติกรวมอยู่ในกลุ่มย่อยแอโฟรเอชีแอติกเหนือ
• Paul Newman (1980) จัดให้ภาษากลุ่มเบอร์เบอร์อยู่กับภาษากลุ่มชาดและภาษาอียิปต์อยู่กับภาษากลุ่มเซมิติก และมีการตั้งคำถามเกี่ยวกับการรวมภาษากลุ่มโอมอติก
• Fleming (1981) แบ่งกลุ่มแอโฟรเอชีแอติกที่ไม่ใช่โอมอติกหรืออิริเทรีย เป็น 3 กลุ่มคือ กลุ่มคูชิติก กลุ่มเซมิติกและกลุ่มชาด-เบอร์เบอร์-อียิปต์ รวมทั้งเสนอว่าภาษาออนโกตาอาจจะเป็นสาขาของภาษากลุ่มอิริเทรียด้วย
• Lionel Bender (1997)เสอนภาษากลุ่มคูชิติกใหญ่ประกอบด้วยภาษากลุ่มเบอร์เบอร์ ภาษากลุ่มคูชิติก และภาษากลุ่มเซมิติก ยอมรับภาษากลุ่มชาดและภาษากลุ่มโอมอติกเป็นอีกสาขาหนึ่ง
• Vladmir Orel และ Olga Stolbova (1995) รวมภาษากลุ่มเบอร์เบอร์เข้ากับภาษากลุ่มเซมิติก รวมภาษากลุ่มชาดเข้ากับภาษากลุ่มอียิปต์ และแยกกลุ่มคูชิติกออกมาต่างหาก
• Alexander Militarev (2000) จากพื้นฐานทางรากศัพท์ รวมกลุ่มภาษาเบอร์เบอร์ไว้กับภาษากลุ่มชาด ซึ่งมีความห่างไกลจากภาษากลุ่มเซมิติก ไม่ยอมรับภาษากลุ่มคูชิติกและโอมอติก