พุทธศักราช 800 โดยประมาณในแผ่นดินพระเจ้าศิริกิตติกุมาร พระเชษฐราชโอรสในพระเจ้าตักละราช ขึ้นครองราชสมบัติเมืองปาฏลีบุตร เป็นช่วงที่เมืองปาฏลีบุตรเกิดมหากลียุค ทั้งมีการจลาจลภายในและข้าศึกภายนอกผู้คนในปาฏลีบุตรที่เคารพนับถือพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต จึงลงความเห็นกันว่า ถึงเวลาแล้วที่จะต้องอัญเชิญหนีมหาภยันตราย จึงอัญเชิญพระรัตนตรัย และพุทธบริษัท คือพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกตในฐานะพระพุทธ พระไตรปิฎกธรรม ที่ประดิษฐานในวิหารนั้น พร้อมทั้งพระสงฆ์ พ่อค้าวานิชและชาวเมืองปาฏลีบุตรกลุ่มหนึ่ง ลงสู่สำเภาแล้วเดินทางลี้ภัยไปยังลังกาทวีป เมื่อถึงลังกาทวีปพระเจ้าแผ่นดินลังกาทวีปในสมัยนั้น(ไม่ได้ระบุพระนาม) ทรงรับรักษาพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกตเป็นอย่างดียิ่ง และทรงอุปถัมภ์ค้ำชูชาวปาฏลีบุตรเป็นอย่างดีสมควรตามความดีความชอบ

พุทธศักราช 1000 โดยประมาณในแผ่นดินศรีเกษตรพุกามประเทศ พระมหากษัตริย์ผู้ครองนครขณะนั้นคือพระเจ้าอนุรุทธราชาธิราช(ภาษาบาลี) หรือ มังมหาอโนรธาช่อ(ภาษามอญ) พระองค์เป็นกษัตริย์ที่มีพระอานุภาพมาก บริบูรณ์ด้วยพลช้างพลม้าและทหารมากมาย แต่พระองค์ก็เป็นกษัตริย์ที่ตั้งมั่นอยู่ในสัมมาทิฐิ ทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาอย่างดียิ่ง พระศีลขันธ์ภิกษุ และพระอาจารย์(ไม่ได้ระบุนาม) ได้ทำการพิจารณาพระไตรปิฎก ท่านเกิดสงสัยว่าพระไตรปิฎกธรรมในแผ่นดินพม่ารามัญทั้งปวงนั้น เห็นจะผิดอักขระไม่ต้องตามกระแสพระพุทธฎีกา จึงทูลพระเจ้าอนุรุทธไปตามนั้น พระเจ้าอนุรุทธได้ทรงสดับก็มีพระศรัทธาเลื่อมใส จึงตรัสถามถึงที่ตั้งของพระไตรปิฎกธรรมฉบับที่ถูกต้อง พระศีลขันธ์จึงทูลว่า พระไตรปิฎกฉบับที่สมบูรณ์ถูกต้องนั้น คือพระไตรปิฎกฉบับพระพุทธโฆษาจารย์เถระที่ลังกาทวีป

พระเจ้าอนุรุทธจึงมีพระราชโองการ ดำรัสสั่งเสนาบดีให้แต่งสำเภาเชิญพระราชสาส์นสองลำ ให้แต่งพระราชสาส์นเป็นภาษามคธจารลงในแผ่นพระสุพรรณบัฏ และเครื่องราชบรรณาการอันเป็นต้นว่าดินสอแก้ว น้ำมันดิน พลอย ทับทิม รัตนชาติหลากชนิด และสิ่งของอื่นๆเป็นอันมาก แล้วโปรดให้อาราธนาพระภิกษุที่ทรงคุณธรรม 8 รูป ซึ่งรวมถึงพระศีลขันธ์ภิกษุและพระอาจารย์ พร้อมด้วยเสนาอำมาตย์ราชบุรุษ ทั้งราชทูต อุปทูต ตรีทูต และไพร่พลพอสมควร คุมพระราชสาส์นและเครื่องมงคลบรรณาการ โดยที่พระองค์เองประทับสำเภาพระที่นั่ง และพลทหารบริวารอีกหนึ่งลำ รวมเป็นสี่ลำ มุ่งหน้าสู่ลังกาทวีป

ราชทูตพุกามเข้าเฝ้าถวายสาส์น พระเจ้าขัตติยศรีรามวงศ์ พระเจ้าแผ่นดินลังกาทวีปก็เสด็จรับ ด้วยพระองค์เองที่พระราชวังริมฝั่งอ่าวลังกา พระสังฆราชลังกาก็ให้การอุปสมบทพระสงฆ์พุกามทั้ง 8 รูปเป็นภิกษุบริสุทธิ์พระเจ้าอนุรุทธ ดำรัสสั่งเสนาอำมาตย์ราชบัณฑิต ระดมคัดลอกพระไตรปิฎกและคัมภีร์สัททาวิเสส ซึ่งครั้งนั้น ชาวเมืองลังกาก็ช่วยคัดเพิ่มอีกสำรับหนึ่ง

พระเจ้าอนุรุทธจึงขอพระราชทานพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต จากพระเจ้าขัตติยศรีรามวงศ์ ซึ่งด้วยเป็นพระราชไมตรีอันมาช้านานนั้น จึงต้องจำพระทัยยกให้ แต่ด้วยที่แผ่นศรีเกษตรพุกามนั้นมิได้เป็นแผ่นดินที่พระพุทธรัตนพรรณมณีมรกตจะประดิษฐาน เรือพระที่นั่งพระเจ้าอนุรุทธและเรือพระไตรปิฎกฉบับชาวพุกามคัดลอก สามารถกลับถึงกรุงพุกามได้เพียงสองลำ ส่วนเรือทรงพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต และพระไตรปิฎกฉบับชาวลังกาช่วยคัดลอกถูกพายุมรสุมพัด พลัดเข้าไปทางอ่าวกัมพูชาแทน

พระเจ้านารายณ์ราชสุริยวงศ์ เจ้ากรุงอินทปัตถ์มหานคร แคว้นกัมพูชา มีพระรับสั่งว่า สำเภาซึ่งบรรทุกพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกตกับพระไตรปิฎกนั้น เป็นของพระเจ้ากรุงพุกามจริงและทรงเห็นแก่พระราชไมตรี จึงทรงให้อำมาตย์คุมสำเภากลับไปถวายคืนแก่พระเจ้าอนุรุทธ แต่ส่งกลับไปเพียงพระไตรปิฎกเท่านั้น มิได้ส่งพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกตไปด้วย แต่ถึงมิได้พระแก้วกลับมา พระเจ้าอนุรุทธก็ทรงทำนุบำรุงพระพุทธศาสนาและแก้ไขพระไตรปิฎกที่ผิดเพี้ยนทั้งหมดเสร็จสิ้นในปีพ.ศ. 1172