ตามตำนานพระแก้วมรกต ในบันทึกแนบท้ายพระราชพงศาวดารเหนือ ระบุไว้ว่า พระแก้วมรกตสร้างขึ้นในปี พุทธศักราช 500 โดยพระนาคเสนเถระ วัดอโศการาม กรุงปาฏลีบุตร ในแผ่นดินพระเจ้ามิลินท์ (เมนันเดอร์) โดยเริ่มแรก เริ่มจากพระนาคเสนเถระได้ปวารณา จะสร้างพระพุทธรูปให้สืบต่อพระพุทธศาสนาจรด 5000 พระพุทธศักราช จึงได้เป็นกังวลว่าจะหาวัสดุใดมาสร้างพระพุทธรูปนี้ ด้วยปริวิตกว่า หากใช้ไม้ ก็จะไม่อยู่ถึง 5000 พระชันษา หากใช้เหล็ก ก็อาจจะถูกนำไปหลอมละลายเมื่อคราวจะมีผู้ทำลาย หากจะใช้หินศิลาธรรมดา ก็จะดูเป็นพระพุทธรูปสามัญทั่วไป จึงได้ตกลงปลงใจเลือกใช้แก้วมณีมาจำหลักพระพุทธรูป เพียงแต่ยังกังวลว่าจะใช้แก้วมณีชนิดใด

การนั้น สมเด็จพระอมรินทราธิราช พร้อมกับพระวิสสุกรรมเทพบุตร ได้จำแลงกายเป็นมานพธรรมดา ไปกราบนมัสการพระคุณเจ้าว่า ตนทั้งสองเป็นพ่อค้าเดินทางมาหลายที่ ได้ไปพบแก้วรัตนโสภณมณีโชติ อันมีรัตตนายกดิลกเฉลิม 3000 ดวง สีแดงสุกใส ที่เขาวิบุลบรรพต (เวฬุบรรพต) ณ ดินแดนห่างไกลโพ้น คิดว่าเป็นแก้วที่เหมาะสมควร แก่การนำมาจำหลักพระพุทธรูปให้สืบพระพุทธศาสนาจรด 5000 พระพุทธศักราช ว่าแล้วดังนั้น เมื่อถึงเขาวิบุลบรรพต สมเด็จพระอมรินทราธิราช จึงโปรดให้พระวิสสุกรรมเทพบุตร เข้าไปนำแก้วรัตนโสภณมณีโชติมา แต่พระวิสสุกรรมทรงกราบทูลว่า ยักษ์ผู้เฝ้าแก้วนั้นมิยอมมอบให้ สมเด็จพระอมรินทราธิราชจึงเสด็จด้วยพระองค์เอง พวกยักษ์ก็ยังกราบทูลไม่ถวายแก้วรัตนโสภณมณีโชติเช่นเดิม โดยทูลเหตุผลประกอบว่า แก้วนี้เป็นแก้วคู่บุญบารมีพระบรมศุลีจอมไกรลาส เป็นแก้วชั้นมหาจักรพรรดิ มิสามารถถวายให้ได้จริง สมเด็จพระอมรินทราธิราชจึงตรัสตอบว่า จะทรงนำไปจำหลักพระพุทธรูปให้สืบทอดพระพุทธศาสนาตลอดล่วง 5000 พระชันษา เหล่ายักษ์จึงประชุมกันและลงความเห็น มอบแก้วโลกาทิพยรัตตนายก อันมีรัตนายกดิลกเฉลิม 1000 ดวง สีเขียวทึบ (หยกอ่อน) ให้ไปแทน

เมื่อถึงวัดอโศการาม จึงทรงมอบให้พระนาคเสน และพระวิษุกรรมจึงทรงจำหลักพระพุทธรูปองค์นี้ถวายดังพระประสงค์ เมื่อจำหลักเสร็จเรียบร้อยเป็นพระพุทธรูปที่มีพุทธลักษณะงดงาม ตามประสงค์ของพระนาคเสนเถระแล้ว พระนาคเสนจึงบอกบุญไปยังอุบาสก อุบาสิกา สร้างมหาวิหารใกล้กับอโศการาม แล้วอัญเชิญพระแก้วมรกตขึ้นประดิษฐานไว้เหนือแท่นรัตนบัลลังก์ และปฐมฐาปนาถวายพระนามว่า พระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต

นอกจากนี้ในตำนานยังระบุด้วยว่าขณะที่ประดิษฐานอยู่นั้น พ่อค้าวานิช และพระมหาราชาธิราชจากประเทศต่างๆที่มาสักการะ ต่างพบเห็นพระแก้วมรกตเปล่งพระรัศมีออกมางามหาที่เปรียบมิได้ เป็นที่น่าพิศวงยินดียิ่งนัก พระนาคเสนจึงได้บรรจุพระบรมสารีริกธาตุ ลงไปในพระพุทธรัตนพรรณมณีมรกต 7 พระองค์ คือพระโมลี พระนลาฏ พระนาภี พระหัตถ์ซ้าย-ขวา และพระเพลาซ้าย-ขวา แต่เมื่อบรรจุพระบรมสารีริกธาตุแล้วอัญเชิญขึ้นประดิษฐานแล้วนั้น เกิดเหตุการแผ่นดินไหวขึ้น พระนาคเสนเห็นเหตุการณ์นั้น จึงทราบด้วยฌานสมาบัติ และพยากรณ์ว่า พระแก้วองค์นี้ เห็นทีจะไม่ได้ดำรงพระชันษาตลอด 5000 พระพุทธศักราช หากจะให้ครบ ควรจะเสด็จไปโปรดสรรพสัตว์ในเบญจประเทศ คือ ลังกาทวีป กัมโพชะศรีอโยธยา โยนะวิสัย ปะมะหละวิสัย และ สุวรรณภูมิ