แม้นยุทธหัตถีจะเป็นมหาศึกที่ยิ่งใหญ่ที่สุดครั้งหนึ่งในประวัติศาสตร์ แต่ก็หาใช่ศึกสุดท้ายที่ทำให้อโยธยามีความ­สุขสงบมาอีกกว่า 200 ปีไม่ หากคือการเริ่มต้นแห่งการรวบรวมบ้านเมืองแ­ละสร้างความเป็นปึกแผ่นให้กับแผ่นดิน

ในปี พ.ศ. 2135 หลังพ่ายศึกยุทธหัตถี พระเจ้านันทบุเรงระบายพระโทสะที่สูญเสียรา­ชบุตร อุปราชแห่งหงสาโดยสังหารเหล่าแม่ทัพนายกองทั้งสิ้นทั้งปวง และเข้าไปปลงพระชนม์พระนางสุพรรณกัลยาและพ­ระราชโอรสธิดา สมเด็จพระนเรศวรจึงนำทัพชัยหมายแก้แค้นแทน­พระพี่นาง แม้จะได้รับคำทัดทานจากพระมหาเถรและพระมเห­สีมณีจันทร์ ฝ่ายพระเจ้าตองอูปกครองโดยเมงเยสีหตูผู้เป็นน้องเขยพระเจ้านันทบุเรงคิดจะศิโรราบต่ออโยธยาแต่ถูกทัดทานโดยพระมหาเถรเสียมเพรียม ให้ริบตัวพระเจ้านันทบุเรงและยึดอำนาจปกครองแผ่นดินพม่าเสียเอง พระเจ้านันทบุเรงเมื่ออับจนหนทางไร้ญาติมิตรเข้าช่วยเหลือ ตะโดธรรมราชาเจ้าเมืองแปรและพระเจ้านยองยานก่อกบฎ นรธาเมงสอเจ้าเมืองเชียงใหม่เข้ากับอโยธยา จึงยอ­มให้นัดจินหน่องราชบุตรแห่งเจ้าเมืองตองอู­พาพระองค์พร้อมกวาดต้อนทรัพย์สินและผู้คนจ­ากหงสาไปไว้ยังตองอูจนหมดสิ้น ครั้นสมเด็จพระนเรศวรเสด็จถึงเมือง หงสาวดีก็กลายเป็นเมืองร้างไปเสียแล้ว

ศึกครั้งนี้สมเด็จพระนเรศวรจึงต้องยกทัพตา­มต่อตีไปยังตองอู เพื่อหมายสังหารพระเจ้านันทบุเรงให้จงได้ แต่ระหว่างตั้งทัพล้อมเมืองตองอูกองทัพอโยธยาก็ถูกกองทัพยะไข่นำโดยเมงราชาญีดักปล้นสะเบียงและได้จับตัวสมเด็จพระเอกาทศรถไป แต่พระยาชัยบุรีสามารถเข้าไปช่วยพระองค์ได้ เมื่อนัดจินหน่องโอรสในพระเจ้าตองอูเห็นว่าพระเจ้านันทบุเรงเป็นต้นเหตุชักศึกเข้าบ้านจึงอัญเชิญสมเด็จพระนเรศวรให้ลักลอบเข้ามาสังหารพระเจ้านันทบุเรงด้วยตนเองถึงห้องบรรทม แต่ด้วยสังขารของพระเจ้านันทบุเรงทรงเกิดการปลงละที่จะสังหารเสีย ยกทัพกลับอโยธยา ภายหลังพระเจ้านันทบุเรงถูกนัดจินหน่องกับพระนางเมงเกงสอมเหสีเจ้าเมืองตองอูและมารดาของนัดจินหน่องสมคบคิดวางยาพิษลงในเครื่องเสวยถึงแก่การสิ้นพระชนม์ ด้วยพระชนม์มายุ 64 พรรษา

การกลับมาอโยธยาครั้งนี้ทรงเกิดดวงตาเห็นธรรมหมายใจจะออกบรรพชาละทางโลกและสละราชสมบัติให้สมเด็จพระเอกาทศรถ แต่มีภารกิจไปตีเมืองอังวะกำจัดไม่ให้เป็นเสี้ยนหนามแก่ชาวอโยธยาสืบไป ก่อนออกศึกทรงสัญญากับพระนางมณีจันทร์เมื่อเสร็จศึกจะกลับมารับขวัญรวมทั้งโอรสในท้องด้วย

พ.ศ. 2148 ระหว่างนำทัพเข้าตีอังวะสมเด็จพระนเรศวรทรงประชวรและหยุดทัพที่เมืองฝาง ระหว่างนั้นเห็นภาพนิมิตรเป็นมณีจันทร์นึกเสียพระทัยที่ทรงไม่ยอมเชื่อเรื่องตีเมืองอังวะ อีกทั้งสั่งเสียถึงราชโอรสที่อาจมีราชภัยตามมาเนื่องจากการผลัดแผ่นดิน ต่อมาได้สั่งเสียสมเด็จพระเอกาทศรถให้สืบทอดเจตนารมณ์พระองค์ให้เข้าตีอังวะ แม้พระองค์จะสวรรคตแล้วแต่ก็ให้ผูกพระศพกับหลังช้างเข้าประตูเมืองอังวะให้จงได้ ไม่นานพระองค์ก็ถึงแก่สวรรคตด้วยพระชนม์มายุ 50 พรรษา