ตำบลบางตะไนย์ตั้งอยู่ทางฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา บริเวณตอนกลางของอำเภอปากเกร็ด มีอาณาเขตติดต่อกับเขตการปกครองข้างเคียงดังต่อไปนี้

• ทิศเหนือ ติดต่อกับตำบลคลองข่อย และตำบลบางคูวัด (อำเภอเมืองปทุมธานี จังหวัดปทุมธานี) มีแนวกึ่งกลางคลองสัมปะทอง แนวระวางโฉนดที่ดินระหว่างตำบลบางตะไนย์กับตำบลคลองข่อย แนวรั้วโรงเรียนสารสาสน์วิเทศราชพฤกษ์ และแนวกึ่งกลางคลองบางตะไนย์เป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันออก ติดต่อกับตำบลบางพูด มีแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศใต้ ติดต่อกับตำบลปากเกร็ด ตำบลเกาะเกร็ด และตำบลคลองพระอุดม มีแนวกึ่งกลางแม่น้ำเจ้าพระยาและคลองบ้านแหลมเหนือเป็นเส้นแบ่งเขต
• ทิศตะวันตก ติดต่อกับตำบลคลองพระอุดม มีแนวกึ่งกลางคลองบ้านแหลมเหนือ คลองตามิ่ง และคลองสัมปะทองเป็นเส้นแบ่งเขต