ตั้งแต่ปลายสมัยกรุงศรีอยุธยา บางตะไนย์อาศัยอยู่อย่างเป็นปึกแผ่นโดยชาวมอญจำนวนมาก พวกเขาอาศัยพื้นที่ตามแม่น้ำเจ้าพระยา เช่น บางคูวัด ใน จังหวัดปทุมธานี

หลังจากเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2 ใน พ.ศ. 2310 พื้นที่ตรงนี้ก็ร้างไป สมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช ต่อมาโปรดเกล้าฯ ให้ชาวมอญกลับมาอาศัยอดีตหมู่บ้านแห่งนี้ ใน พ.ศ. 2365 ชาวมอญจำนวนมากอพยพจากพม่า เข้ามาอาศัยในสยาม พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ 3) โปรดเกล้าฯ ให้พวกเขาอาศัยที่บางตะไนย์ บางพูด และคลองบ้านแหลมใหญ่ ซึ่งพวกเขาอาศัยที่นี่สืบมาจนถึงปัจจุบัน

ชื่อ "บางตะไนย์" หมายถึง "พื้นที่ที่ปลูกต้นข่อย" ในภาษามอญเรียกพืชสายพันธุ์นี้ว่า "คะไน" แต่ไทยเรียกเพี้ยนเป็น "ตะไน" คำว่า "บาง" ในพจนานุกรม ฉบับราชบัณฑิตยสถาน หมายถึง "หมู่บ้านเล็ก ๆ หรือชุมชนที่ตั้งอยู่ริมน้ำ"