ชื่อบาโงยซิแน เป็นภาษามลายูปัตตานีแปลว่า "โคกข่อย" เดิมพื้นที่นี้ถูกเรียกว่า กำปงบือแน แปลว่า "บ้านนา"[1] และมีประชากรจากไทรบุรี, โกตาบารู และปัตตานีโยกย้ายเข้ามาตั้งถิ่นฐานจนเป็นชุมชนใหญ่[2][3] มีมุขปาฐะเล่าลือกันว่ามีแม่กองเมืองเป็นสตรีเพศซึ่งเจ้าเมืองยะลาตั้งขึ้น นางผู้นี้เป็นมุสลิมะฮ์เชื้อสายจีน ได้เข้ามาอาศัยอยู่กับเจ้าเมืองยะลาจนได้รับความไว้วางใจ เจ้าเมืองจึงได้แต่งตั้งให้นางเป็นแม่กองเมืองคอยดูแลความเรียบร้อยในบาโงยซิแน อันเป็นพื้นที่ชั้นในที่มีความอุดมสมบูรณ์เพราะมีแม่น้ำลำคลองหลายสายไหลผ่าน[1]

ปี พ.ศ. 2537 ตำบลบาโงยซิแนได้ยกฐานะขึ้นเป็นสภาตำบล และปี พ.ศ. 2540 จึงยกฐานะเป็นองค์การบริหารส่วนตำบลบาโงยซิแน[3]