ตำบลหนองขอนตั้งอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของอำเภอเมืองอุบลราชธานี ระยะทางห่างจากเมืองอุบลราชธานี ประมาณ 13 กิโลเมตร การคมนาคมผ่านถนนสายหลักทางหลวงหมายเลข 23 (ถนนแจ้งสนิท) มีขนาดพื้นที่ 54 ตารางกิโลเมตร พื้นที่แนวเขตด้านใต้ของตำบล มีลักษณะเป็นเนินดินริมฝั่งน้ำ พื้นที่ค่อนข้างราบลุ่ม มีลำเซบายไหลผ่านเขตด้านใต้และตะวันตกของตำบล[1]