บริเวณที่ตั้งของตำบลหนองขอนในปัจจุบันนั้น มีการตั้งรกรากของผู้คนมาเป็นเวลากว่า 250 ปีแล้ว โดยตั้งชื่อหมู่บ้านและตำบลตามชื่อบึงหนองขอน ซึ่งเป็นบึงน้ำธรรมชาติขนาดใหญ่ประมาณ 1 ตารางกิโลเมตรในพื้นที่[1] และในปี พ.ศ. 2538 ได้มีการแบ่งพื้นที่ทางตอนเหนือของตำบลหนองขอนเพื่อจัดตั้งเป็นตำบลปะอาว อำเภอเมืองอุบลราชธานี[1][2]