ประชากรที่อพยพมายังเกาะติมอร์ ส่วนใหญ่เป็นชาวออสตราเลเชีย ประชากรในปัจจุบันเชื่อว่าเป็นผู้ที่เหลือรอดจากคลื่นผู้อพยพมายังเกาะสามระลอก กลุ่มแรกเป็นกลุ่มชนที่ชื่อ เวดโด-ออสตราลอยด์ มาจากทางเหนือและตะวันตก เมื่อราว 42,000 ปีมาแล้วแม้จะไม่พบหลักฐานมากนัก แต่กลุ่มชนชุดแรกเป็นนักเดินเรือที่มีทักษะเชี่ยวชาญ และมีเทคโนโลยีมากมายที่จะเดินทางมาถึงออสเตรเลียและเกาะอื่น ๆ ต่อมาเมื่อประมาณ 2,457 ปีก่อนพุทธศักราช กลุ่มชนระลอกที่ 2 คือชาวเมลานีเซียได้เดินทางมาถึง ชนกลุ่มแรกขยับไปอยู่ตามเขตภูเขาชั้นใน กลุ่มสุดท้ายคือชาวมลายูดั้งเดิม เดินทางมาจากจีนตอนใต้และอินโดจีนตอนเหนือ พ่อค้าชาวฮากกาจัดอยู่ในกลุ่มสุดท้ายนี้เช่นกัน[1] ชาวติมอร์มีเรื่องเล่าเกี่ยวกับบรรพบุรุษที่แล่นเรือมาถึงทางตะวันออกของเกาะ โดยมาจากดินแดนทางใต้บางเรื่องเล่าว่าบรรพบุรุษของชาวติมอร์ เดินทางมาจากคาบสมุทรมลายูหรือมีนังกาเบาบนเกาะสุมาตรา[2]