เมื่อพรรคคอมมิวนิสต์ธงแดงของตะคีนโซ่แยกตัวออกจากพรรคคอมมิวนิสต์พม่าเมื่อ พ.ศ. 2489 และได้ออกไปต่อสู้ใต้ดิน ต้านทู่นและสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ที่เหลือยังคงร่วมมือกับสันนิบาตเสรีภาพประชาชนจนเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2489 ต้านทู่นถูกบีบให้ออกจากตำแหน่งเลขาธิการทั่วไป และพรรคคอมมิวนิสต์พม่าซึ่งต่อมาเรียกว่าพรรคธงขาวออกจากสันนิบาตเสรีภาพประชาชนในเดือนตุลาคม

หลังจากที่พม่าได้รับเอกราชในวันที่ 4 มกราคม พ.ศ. 2491 สันนิบาตเสรีภาพประชาชนที่มีพรรคสังคมนิยมเป็นพรรคที่มีบทบาทสูงได้ขึ้นสู่อำนาจ และอูนุได้เป็นนายกรัฐมนตรี พรรคคอมมิวนิสต์พม่ายังคงต่อสู้โดยการเดินขบวนและนัดหยุดงาน ต้านทู่นได้จัดตั้งกองโจรเพื่อต่อสู้กับรัฐบาล มีฐานที่มั่นในภาคกลางของพม่าบริเวณปยีนมะนา ต้านทู่นซึ่งเป็นประธานพรรคได้ส่งสมาชิกไปฝึกกับกองทัพปฏิวัติของจีน บางส่วนเดินทางกลับมาหลังจากมีการเจรจาสันติภาพใน พ.ศ. 2506 ที่พรรคคอมมิวนิสต์พม่าส่งตัวแทนไปเจรจากับรัฐบาลทหารของพม่า ต้านทู่นได้กลับไปจัดตั้งกลุ่มสู้รบอีกหลังจากที่การเจรจาล้มเหลว ใน พ.ศ. 2510 เขาได้จัดตั้งการปฏิวัติวัฒนธรรมแบบของเขาเอง และได้เผยแพร่ภาพการสังหารหมู่นักศึกษาโดยรัฐบาลทหารของเนวีนใน พ.ศ. 2505[3] เขาถูกสายลับของฝ่ายรัฐบาลที่แฝงตัวเข้าไปเป็นสมาชิกพรรคคอมมิวนิสต์ลอบสังหารเมื่อ 24 กันยายน พ.ศ. 2511