ทฤษฎีโฟลจิสตัน (อังกฤษ: phlogiston theory) เป็นทฤษฎีทางวิทยาศาสตร์ที่ล้าสมัย กล่าวถึงโฟลจิสตันที่มีอยู่ภายในร่างของสิ่งต่างๆซึ่งจะปรากฏขึ้นมาเมื่อเกิดการเผาไหม้โดยชื่อโฟลจิสตันนี้ได้มาจากภาษากรีกโบราณ ที่ว่า φλογιστόν phlogistón (การเผาไหม้ขึ้น) โดยทฤษฎีนี้ถูกกล่าวถึงครั้งแรกในปี พ.ศ. 2210โดย Johann Joachim Becher ทฤษฎีนี้พยายามอธิบายเกี่ยวกับการสันดาป และการเกิดสนิมซึ่งในปัจจุบันรู้จักในนามของปรากฏการณ์ออกซิเดชัน