ในช่วงหลังสงครามโลกครั้งที่ 2 นายทองอินทร์ ภูริพัฒน์ได้สมัครเข้าเป็นสมาชิก พรรคสหชีพ ซึ่งเป็นกลุ่มการเมืองของฝ่ายนายปรีดี พนมยงค์ ภายหลังการ รัฐประหารใน พ.ศ. 2490 และเหตุการณ์ กบฏวังหลวง นักการเมืองฝ่ายนายปรีดี ที่อยู่ในประเทศก็ถูกฝ่ายรัฐบาล ดำเนินการกวาดล้างอย่างหนัก ซึ่งรวมถึงนายทองอินทร์ด้วย

นายทองอินทร์ ภูริพัฒน์ ถูกจับกุมพร้อมกับ อดีตรัฐมนตรีอีสานอีก 2 คน คือ นายถวิล อุดล นายจำลอง ดาวเรือง รวมทั้ง ดร.ทองเปลว ชลภูมิ (หนึ่งในสมาชิกคณะราษฎรสายปรีดีที่ถูกจับมาในอีกคดีหนึ่ง) ก็ถูกนำตัวไปสังหารที่บริเวณทุ่งบางเขน ถนนพหลโยธิน กิโลเมตรที่ 11 ในวันที่ 4 มีนาคม พ.ศ. 2492 โดย กรมตำรวจ ในเวลานั้นอ้างเหตุว่า มีโจรคอมมิวนิสต์มลายู มาชิงตัว 4 อดีตรัฐมนตรี และเกิดการต่อสู้ขึ้น จนทำให้ทั้ง 4 คน ถูกลูกหลงเสียชีวิตทั้งหมด แต่ไม่ใคร่จะมีใครเชื่อข้ออ้างดังกล่าวนัก เนื่องจากไม่มีตำรวจเสียชีวิตหรือบาดเจ็บแม้แต่รายเดียว ในเวลาที่นายทองอินทร์เสียชีวิตนั้น มีอายุได้เพียง 43 ปี