องค์การอุทกศาสตร์สากลได้กำหนดขอบเขตของทะเลญี่ปุ่นไว้ดังนี้[2]

ด้านทิศตะวันตกเฉียงใต้ ขอบเขตด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือของทะเลจีนตะวันออก [จากแหลมโนะโมะบนเกาะคิวชู ถึงปลายด้านทิศใต้ของเกาะฟุกุเอะ (หมู่เกาะโกะโต)] และด้านทิศตะวันตกของทะเลในเซะโตะด้านทิศตะวันออกเฉียงใต้ ในช่องแคบคันมง จากแหลมนะโงะยะ (130°49'E) บนเกาะคิวชู ถึงมุระซะกิฮะนะ (34°01'N) บนเกาะฮอนชูด้านทิศตะวันออก ในช่องแคบสึงะรุ จากปลายสุดแหลมชิริยะ (141°28'E) ถึงปลายสุดแหลมเอะซัง (41°48'N)ด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือ ในช่องแคบลาเปรูส (ช่องแคบโซยะ) จากแหลมโซยะ ถึงแหลมนิชิโนะโตะโระด้านทิศเหนือ จากแหลมตุยค์ (51°45'N) ถึงแหลมซูเชวา