ทะเลสาบชิกตสึเป็นทะเลสาบปล่องภูเขาไฟ จากการสำรวจของ Global Volcanism Program พบว่าแอ่งภูเขาไฟแห่งนี้เกิดขึ้นเมื่อ 31,000-34,000 ปีก่อนจากการปะทุของภูเขาไฟครั้งใหญ่ที่สุดครั้งหนึ่งบนเกาะฮกไกโด[1] ในปล่องประกอบด้วยแร่ดาไซต์ ไรโอไลต์ และแอนดีไซต์เป็นหลัก มีภูเขาไฟสามลูกได้แก่ภูเขาเอนิวะ ภูเขาฟุปปะชิ และภูเขาทารูมาเอะ ก่อตัวขึ้นบนขอบของแอ่ง[2]