เมื่อเปิดใช้ทางพิเศษเฉลิมมหานครแล้ว ได้มีการปรับจุดขึ้น-ลง และด่านเก็บเงินเพิ่มเติมในภายหลังดังนี้

• 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2531 เพิ่มทางขึ้น-ลงถนนพระราม 4 ให้สามารถขึ้นจากจุดนี้ไปลงที่ดินแดงได้ โดยมีด่านเก็บเงินที่เพิ่มขึ้นมาคือ ด่านพระรามสี่ 2
• 8 กรกฎาคม 2536 รายงานประจำปี 2536 - 2537 การทางพิเศษแห่งประเทศไทย หน้า 90 - 98 ซึ่งมีนายสุขวิช รังสิตพล เป็นผู้ว่าการการทางพิเศษแห่งประเทศไทย มีความรายละเอียดว่า คณะกรรมการการทางพิเศษแห่งประเทศไทย ได้มีมติเมื่อวันที่ 8 กรกฎาคม 2536 ให้เร่งดำเนินการปรับปรุงทางขึ้น - ลง ทางด่วนขั้นที่ 1 และคณะรัฐมนตรีรัฐบาลนายกรัฐมนตรีชวน 1 ได้มีมติเห็นชอบให้การทางพิเศษแห่งประเทศไทย ดำเนินการปรับปรุงแก้ไขทางขึ้น - ลง เพิ่มเติมสำหรับทางด่วนขั้นที่ 1 บริเวณถนนเพชรบุรี ถนนสุขุมวิท และบริเวณแยกต่างระดับคลองเตย [3]
• 15 สิงหาคม พ.ศ. 2538 ยกเลิกด่านพระราม 3 เนื่องจากมีการก่อสร้างทางพิเศษศรีรัช ช่วงพญาไท-บางโคล่ ภายหลังเมื่อทางพิเศษศรีรัชช่วงนี้เปิดให้บริการแล้ว ด่านพระราม 3 ได้เปิดบริการตามปกติ แต่ปรับเส้นทางขึ้น จากเดิมขึ้นแล้วไปบางนา-ดินแดงได้ เปลี่ยนเป็นขึ้นแล้วไปแจ้งวัฒนะ ด่านพระราม 3 จึงขึ้นกับทางพิเศษศรีรัชตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
• 6 ตุลาคม พ.ศ. 2539 เพิ่มด่านอาจณรงค์ 1 สำหรับรับรถที่มาจากทางพิเศษฉลองรัช ที่จะเข้าทางพิเศษเฉลิมมหานคร เพื่อไปบางนา-ดาวคะนอง-ดินแดง
• 29 มิถุนายน พ.ศ. 2542 เพิ่มทางเชื่อมต่อระหว่างทางยกระดับอุตราภิมุข กับทางพิเศษศรีรัช บริเวณดินแดง - มักกะสัน โดยมีด่านเก็บเงินที่เพิ่มขึ้นมาคือ ด่านดินแดง 1
• 15 มิถุนายน พ.ศ. 2548 เพิ่มทางเชื่อมระหว่างทางด่วนขั้นที่ 3 สายใต้ กับทางด่วนเฉลิมมหานคร โดยมีด่านเก็บเงินที่เพิ่มขึ้นมาคือ ด่านบางจาก
• 8 ตุลาคม พ.ศ. 2557 เพิ่มทางขึ้น รับรถที่มาจากถนนทางรถไฟสายปากน้ำ และทางลงซอยสุขุมวิท 50 โดยมีด่านเก็บเงินที่เพิ่มขึ้นมาคือ ด่านอาจณรงค์ 3