หลายประเทศกำหนดให้มีธงชาติแบบพิเศษสำหรับใช้ในทะเล เรียกว่า ธงเดินเรือ (ensign) ธงนี้แบ่งออกเป็น 3 ชนิดเช่นกัน คือ

• ธงเรือราษฎร์ หรือ ธงเรือพาณิชย์ () สำหรับใช้ชักบนเรือเอกชน
• ธงเรือราชการ หรือ ธงเรือหลวง () สำหรับใช้ชักบนเรือของรัฐบาล
• ธงนาวี หรือ ธงเรือรบ () (ธงทหารเรือเรียกอีกอย่างว่า ธงราชนาวี หรือ ธงรัฐนาวี) สำหรับใช้ชักบนเรือรบและใช้เป็นสัญลักษณ์ของกองทัพเรือต่าง ๆ โดยทั่วไป

ธงเดินเรือเหล่านี้จะชักขึ้นบนเสาสำหรับชักธงเดินเรือที่เสาท้ายหรือที่เสาก๊าฟฟ์ในเวลาที่ไม่ได้ผูกเรือหรือทอดสมอเรือ เหตุที่เป็นเช่นนี้ก็เพราะว่าทั้งสองตำแหน่งกล่าวเป็นตำแหน่งที่เด่นที่สุดในเรือ แม้ว่าเสากระโดงเรือจะเป็นเสาเรือที่สูงกว่าเสาอื่น ๆ ก็ตาม สำหรับเรือที่ไม่มีเสาก๊าฟฟ์ ธงเดินเรืออาจจะใช้ชักขึ้นที่ปลายแขนเสากระโดงเรือก็ได้ นอกจากนี้ธงชาติดังกล่าวยังสามารถใช้ได้ที่เครื่องบินและยานพาหนะที่สำคัญของทางราชการตามที่กฎหมายได้กำหนดไว้

ประเทศต่าง ๆ ส่วนมากใช้ธงชาติเป็นธงเดินเรือในขณะเดียวกัน เรียกว่า ธงเรือประจำชาติ ดังรูป () แต่ธงเดินเรือในบางประเทศ เช่น ฝรั่งเศส จะมีลักษณะคล้ายคลึงกับธงชาติ แต่อาจมีส่วนประกอบที่แตกต่างกันบ้างเล็กน้อย เช่น กำหนดสัดส่วนธงให้ต่างออกไป เป็นต้น มีเพียงไม่กี่ประเทศเท่านั้นที่กำหนดให้มีธงเดินเรือแยกจากธงชาติออกมาโดยเฉพาะ เช่น สหราชอาณาจักร ซึ่งมีการใช้ธงเดินเรือถึง 3 ชนิด สำหรับจำแนกประเภทเรือ ได้แก่ ธงเดินเรือสีแดง สำหรับเรือพาณิชย์ของประชาชนทั่วไป ธงเดินเรือสีขาว สำหรับใช้เป็นธงราชนาวี และ ธงเดินเรือสีน้ำเงิน สำหรับเรือราชการของรัฐบาลที่ไม่ได้สังกัดราชนาวีอังกฤษ