แต่เดิมมาธงขาวมีรูปกางเขนแห่งนักบุญจอร์จได้ใช้เป็นสัญลักษณ์ของอาณาจักรจอร์เจียมาตั้งแต่คริสต์ศตวรรษที่ 5 ในสมัยพระเจ้าวากห์ตัง จอร์กาซาลี (Vakhtang Gorgasali) ต่อมาในสมัยศตวรรษที่ 13 ซึ่งนับว่าเป็นยุคทองของจอร์เจียโบราณ พระราชินีทามาร์แห่งจอร์เจีย (Queen Tamar of Georgia) ได้ทรงเปลี่ยนธงชาติจากธงกางเขนนักบุญจอร์จ มาเป็นธงห้ากางเขน ลักษณะดังที่ปรากฏเป็นธงชาติจอร์เจียในปัจจุบัน โดยกางเขนใหญ่ตรงกลางหมายถึงนักบุญจอร์จในศาสนาคริสต์ ผู้เป็นนักบุญประจำประเทศจอร์เจีย (ซึ่งธงลักษณะอย่างเดียวกันนี้ก็ปรากฏในธงชาติอังกฤษและมีการใช้ในความหมายเดียวกันด้วย) ส่วนกางเขนขนาดเล็กอีก 4 รูปนั้น จิออร์จี กาเบสกีเรีย (Giorgi Gabeskiria) กล่าวว่า รูปดังกล่าวอาจเพิ่มขึ้นในรัชสมัยพระเจ้าจอร์จที่ 5 แห่งจอร์เจีย ผู้ทรงสามารถขับไล่กองทัพมองโกลให้พ้นไปจากแผ่นดินจอร์เจียได้ ทั้งนี้ธงนี้ยังใช้เป็นสัญลักษณ์ของนักรบครูเสดในระยะเวลาเดียวกัน เพื่อเป็นเครื่องหมายถึงการตรึงกางเขนของพระเยซูคริสต์เพื่อไถ่บาปให้มวลมนุษย์

หลังสมัยกลางของยุโรป ธงนี้ก็ได้เลิกใช้เป็นธงชาติจอร์เจีย แต่ขบวนการชาวจอร์เจียผู้รักชาติซึ่งเรียกร้องเอกราชจากสหภาพโซเวียตได้นำธงนี้กลับมาใช้เป็นสัญลักษณ์ของจอร์เจียอีกครั้งในปี พ.ศ. 2534 โดยชาวจอร์เจียส่วนใหญ่ที่นับถือศาสนาคริสต์นิกายต่างๆ ได้สนับสนุนให้มีการใช้ธงนี้เป็นธงชาติจอร์เจียอย่างเป็นทางการอีกครั้ง ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 รัฐสภาจอร์เจียได้ผ่านกฎหมายฟื้นฟูการใช้ธงห้ากากเขนเป็นธงชาติจอร์เจีย แต่ประธานาธิบดีเอดูอาร์ด เชฟเวิร์ดนาซี (Eduard Shevardnadze) ปฏิเสธให้การรับรองกฎหมายดังกล่าว พรรคขบวนการเอกภาพแห่งชาติหรือพรรค ENM ซึ่งเป็นพรรคการเมืองฝ่ายตรงข้ามกับรัฐบาล จึงได้นำธงห้ากางเขนมาใช้เป็นธงสัญลักษณ์ของการต่อต้านการปกครองของประธานาธิบดีเชวาร์ดนัดเซ

ธงห้ากางเขนได้ผ่านการรับรองเป็นธงชาติจอร์จเจียจากรัฐสภาจอร์เจียเมื่อวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2547 และได้ผ่านการลงนามรับรองจากประธานาธิบดีมีเคอิล ซาคัชวีลี เมื่อวันที่ 25 มกราคม ปีเดียวกัน โดยไม่มีการโต้แย้งใดๆ จากทุกฝ่าย แม้จะมีการวิจารณ์ว่าการรับรองธงนี้ซึ่งเคยใช้เป็นธงพรรคการเมืองมาก่อนเป็นธงชาติถือว่าเป็นการกระทำที่ไม่เป็นประชาธิปไตยก็ตาม