ผลสืบเนื่องจากสงครามกลางเมืองซีเรีย ธงชาติซีเรียโดยนิตินัย มีสถานะหมายถึงชาติและตัวแทนรัฐบาล ธงทั้งสองแบบมีพื้นฐานมาจากสีกลุ่มชนอาหรับ ธงที่ใช้โดยรัฐบาลพรรคบะอัษ นำโดยบัชชาร อัลอะซัด ใช้ธงริ้วสามสีแนวนอนพื้นสีแดง-ขาว-ดำ ใช้สืบเนื่องมาตั้งแต่สมัย สหสาธารณรัฐอาหรับ ตั้งแต่ ค.ศ. 1980 ในส่วนของรัฐบาลเฉพาะกาลซีเรีย ภายใต้การนำของแนวร่วมกำลังปฏิวัติและฝ่ายค้านซีเรียแห่งชาติ – ซึ่งเป็นฝ่ายตรงข้ามรัฐบาลบัชชาร อัลอะซัด – ใช้ธงริ้วสามสีแนวนอนพื้นสีเขียว-ขาว-ดำ เรียกว่า ธงชาติแห่งอิสรภาพ ตั้งแต่ ค.ศ. 2012