ธงชาติมาดากัสการ์ เริ่มใช้อย่างเป็นทางการเมื่อวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2501 ซึ่งเป็นช่วงที่ประเทศนี้เตรียมการลงประชามติต่อสถานะของประเทศในประชาคมฝรั่งเศส และเป็นเวลาก่อนหน้าการประกาศเอกราชจากประเทศฝรั่งเศส 2 ปี ลักษณะเป็นธงสี่เหลี่ยมผืนผ้า กว้าง 2 ส่วน ยาว 3 ส่วน ตอนต้นธงเป็นแถบสีขาวตามแนวตั้ง กว้างเป็น 1 ใน 3 ส่วนของความยาวธง ส่วนที่เหลือตอนปลายธงแบ่งครึ่งตามแนวนอน ครึ่งบนเป็นพื้นสีแดง ครึ่งล่างพื้นสีเขียวสีในธงชาติมาร์ดากัสการ์นี้สะท้อนถึงประวัติศาสตร์ของประเทศ ความปรารถนาในอิสรภาพ และชนชั้นในสังคมมาร์ดากัสการ์ โดยสีแดงและสีขาวนั้นคือสีธงของสมเด็จพระราชินีรานาวาโลนาที่ 3 (Ranavalona III) กษัตริย์พระองค์สุดท้ายแห่งราชอาณาจักรเมรินา (Merina kingdom) ซึ่งพ่ายแพ้ต่อฝรั่งเศสในปี พ.ศ. 2439 และสีนี้อาจเป็นเครื่องบ่งบอกว่าชาวมาร์ดากัสการ์มาจากคนในภูมิภาคเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ ดังปรากฏการใช้สีดังกล่าวนี้ร่วมกันในธงชาติอินโดนีเซีย ส่วนสีเขียวหมายถึงชนชั้นโฮวา (Hova) อันเป็นชนชั้นสามัญชนในสังคมมาร์ดากัสการ์ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในการต่อต้านและเรียกร้องเอกราชจากฝรั่งเศส