ทฤษฎีเกี่ยวกับที่มาและเหตุผลของการเลือกใช้สีขาว สีน้ำเงิน และ สีแดง เป็นสีธงชาติรัสเซียนั้นมีอยู่หลายข้อ แต่ปัจจุบันยังไม่มีทฤษฎีใดที่ได้รับการยอมรับโดยทั่วไป ทั้งในกฎหมายธงของรัสเซียเองก็มิได้ระบุความหมายของสีธงชาติอย่างเป็นทางการไว้ด้วย

กล่าวกันว่าสีทั้งสามนี้มาจากตราอาร์มของแกรนด์ดุชชีแห่งมอสโก (Grand Duchy of Moscow - ราชรัฐมอสโก) ซึ่งเป็นภาพนักบุญเซนต์จอร์จขี่ม้า โดยสวมเกราะสีขาวหรือสีเงิน สวมผ้าคลุมสีฟ้า และถือโล่สีฟ้า แหล่งข้อมูลอีกแห่งหนึ่งอ้างว่าทั้งสามสีนี้มาจากผ้าคลุมของพระแม่มารี (Blessed Virgin Mary) ซึ่งถือกันว่าเป็นนักบุญผู้คุ้มครองประเทศรัสเซีย ตามความเชื่อในศาสนาคริสต์นิกายออโธดอกซ์

นอกจากนี้ยังมีการตีความว่า สีทั้งสามในธงชาติแสดงถึงการจัดลำดับชั้นทางสังคมในสมัยจักรวรรดิรัสเซีย โดย สีขาวหมายถึงพระเจ้า สีน้ำเงินหมายถึงพระเจ้าซาร์ (จักรพรรดิ) สีแดงหมายถึงพลเมืองทั้งหมด หรือในอีกทฤษฎีหนึ่ง ซึ่งแพร่หลายโดยทั่วไป เป็นการตีความว่าสีทั้งสามหมายถึงดินแดนรัสเซียส่วนต่างๆ กล่าวคือ สีขาวหมายถึงเบลารุส (แปลว่า รัสเซียขาว) สีน้ำเงินหมายถึงยูเครน หรือในอีกชื่อหนึ่งคือ มาโลรอสเซีย (แปลว่า รัสเซียน้อย) และสีแดง หมายถึงดินแดนรัสเซียใหญ่ (Great Russia)

การนิยามความหมายที่ต่างออกไปอีกแบบหนึ่ง ระบุไว้ว่า สีขาวหมายถึงอนาคตอันรุ่งโรจน์ของรัสเซียใหม่ สีน้ำเงินหมายถึงท้องฟ้า และสีแดงหมายถึงลัทธิคอมมิวนิสต์และอดีตอันโหดร้ายของรัสเซีย

ในประเทศฟินแลนด์ส่วนที่พูดภาษาสวีเดน สีของธงชาติรัสเซียปัจจุบันถูกตีความถึงประวัติศาสตร์ฟินแลนด์ในปี ค.ศ. 1809 (พ.ศ. 2352) ซึ่งเป็นช่วงที่ฟินแลนด์ถูกผนวกเข้าเป็นส่วนหนึ่งของรัสเซีย ความหมายโดยรวมคือการเป็นส่วนหนึ่งของรัสเซีย