เนื้อหาของธชัคคสูตรสามารถแบ่งออกเป็น 2 ส่วนหลักๆ คือ ไวยากรณ์ภาษิต และ คาถาประพันธ์ ส่วนที่เป็นไวยากรณ์ภาษิต หรือภาษิตที่กล่าวไว้ดีแล้วถูกต้องตามหลักการแล้ว คือส่วนที่พระพุทธองค์ทรงเท้าความถึงการเจริญพุทธานุสสติว่า มีคุณมากกมาย เหมือนดังที่เทวดาทั้งหลายแลดูธงของพระอินทร์ในเทวาสุรสงคราม แต่พุทธานุสสติ ธรรมานุสสติ และสังฆานุสสติ อันเป็นเหมือนธงชัยของพระภิกษุทั้งหลายนี้ เป็นสิ่งที่เลิศยิ่งกว่าธงชัยของพระอินทร์ และเทวดาผู้นำทั้งหลายนัก เพราะ

"เมื่อพวกเทวดาแลดูยอดธงของท้าวสักกะผู้เป็นจอมแห่งเทวดาก็ดี แลดูยอดธงของท้าวปชาบดีเทวราชอยู่ก็ดี แลดูยอดธงของท้าววรุณเทวราชอยู่ก็ดี แลดูยอดธงของท้าวอีสานเทวราชอยู่ก็ดี ความกลัวก็ดี ความหวาดสะดุ้งก็ดี ความขนพองสยองเกล้าก็ดี ที่จักมีขึ้นพึงหายไปได้บ้าง ไม่ได้บ้างข้อนั้นเป็นเหตุแห่งอะไร ดูกรภิกษุทั้งหลาย เหตุว่า ท้าวสักกะผู้เป็นจอมแห่งเทวดา ยังเป็นผู้ไม่ปราศจากราคะ ไม่ปราศจากโทสะ ไม่ปราศจากโมหะ ยังเป็นผู้กลัว หวาดสะดุ้ง หนีไปอยู่ฯ" [3]

จากนั้น สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าทรงอธิบายว่า การระลึกคุณพระรัตนตรัยนั้น ช่วยให้ภิกษุที่อยู่ "ในป่าก็ดี อยู่ที่โคนไม้ก็ดี อยู่ในเรือนที่ว่าง" [4] ปราศจากความหวาดกลัวในสิ่งอันน่าสะพรึงกล้ว เพราะเหตุที่ว่า "พระผู้มีพระภาคพระองค์นั้นเป็นพระอรหันต์ เป็นผู้ตรัสรู้เองโดยชอบ เป็นผู้ถึงพร้อมด้วยวิชชาและจรณะ เสด็จไปดีแล้ว เป็นผู้รู้แจ้งโลก เป็นสารถีฝึกบุรุษที่ควรฝึกไม่มีผู้อื่นจะยิ่งไปกว่า เป็นศาสดาของเทวดาและมนุษย์ทั้งหลาย เป็นผู้ตื่นแล้ว เป็นผู้จำแนกธรรม" [5] หรือบทพรรณนาพระพุทธคุณ คือ อิติปิโสฯ [6] จากนั้น ก็ทรงแนะนำว่า หากพระภิกษุไม่อาจนึกถึงพระพุทธคุณ ให้นึกถึงพระธรรมคุณ หากไม่อาจนึกถึงพระธรรมคุณ ให้นึกถึงพระสังฆคุณ แล้วทรงถึงแจกแจงคุณของพระธรรมว่าเป็นเลิศ และคุณของพระสงฆ์ว่าเป็นเลิศ ดังบทพรรณนาพระธรรมคุณว่า สวากฺขาโตฯ [7] และดังบทพรรณนาพระสังฆคุณว่า สุปฏิปนฺโนฯ [8] เป็นต้น

แล้วทรงตรัสว่า เมื่อผู้ใดได้รำลึกถึงคุณของพระรัตนตรัยดังนี้แล้ว "ความกลัวก็ดี ความหวาดสะดุ้งก็ดี ความขนพองสยองเกล้าก็ดี ที่จักมีขึ้นก็จักหายไป ข้อนั้นเป็นเพราะเหตุแห่งอะไร เพราะว่าพระตถาคตอรหันตสัมมาสัมพุทธเจ้าเป็นผู้ปราศจากราคะ ปราศจากโทสะ ปราศจากโมหะ ไม่เป็นผู้กลัว ไม่หวาด ไม่สะดุ้ง ไม่หนีไปฯ" [9]

หลังจากที่ทรงอธิบายคุณของการระลึกถึงพระรัตนตรัยว่าเป็นดั่งธงชัยปัดเป่าความกลัวแล้ว จากนั้น สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าจึงได้ตรัสคาถาประพันธ์ ความว่า อรเญฺญ รุกฺขมูเล วาฯ ดังนี้ โดยมีคำแปลพระบาลี กล่าวคือ

"ดูกรภิกษุทั้งหลาย เธอทั้งหลายอยู่ในป่าก็ดี อยู่ที่โคนไม้ก็ดี อยู่ในเรือนว่างเปล่าก็ดี พึงระลึกถึงพระสัมพุทธเจ้าเถิด ความกลัวไม่พึงมีแก่เธอทั้งหลาย ถ้าว่าเธอทั้งหลายไม่พึงระลึกถึงพระพุทธเจ้าผู้เจริญที่สุดในโลก ผู้องอาจกว่านรชนทีนั้น เธอทั้งหลายพึงระลึกถึงพระธรรมอันนำออกจากทุกข์ อันพระพุทธเจ้าทรงแสดงดีแล้ว ถ้าเธอทั้งหลายไม่พึงระลึกถึงพระธรรมอันนำออกจากทุกข์ อันพระพุทธเจ้าทรงแสดงดีแล้วทีนั้น เธอทั้งหลายพึงระลึกถึงพระสงฆ์ผู้เป็นบุญเขต ไม่มีบุญเขตอื่นยิ่งไปกว่า ดูกรภิกษุทั้งหลาย เมื่อเธอทั้งหลายระลึกถึงพระพุทธเจ้า พระธรรมและพระสงฆ์อยู่ ความกลัวก็ดีความหวาดสะดุ้งก็ดี ความขนพองสยองเกล้าก็ดี จักไม่มีเลย ฯ" [10]