ธนาธร จึงรุ่งเรืองกิจเกิดเมื่อวันที่ 25 พฤศจิกายน พ.ศ. 2521 ที่กรุงเทพมหานคร เขาเกิดในครอบครัวพ่อค้าเชื้อสายจีนแต้จิ๋ว มีชื่อเล่นว่า เอก เป็นบุตรคนที่ 2 ในจำนวนพี่น้องทั้งหมด 5 คน ของพัฒนากับสมพร จึงรุ่งเรืองกิจ บิดาพัฒนาเป็นผู้ก่อตั้งกลุ่มบริษัทไทยซัมมิท[ต้องการอ้างอิง]

ธนาธรเล่าว่า ตนเริ่มทำงานครั้งแรกช่วงปิดเทอมชั้นประถมศึกษาปีที่ 3 เป็นงานนับชิ้นส่วนเหล็กในโรงงาน ได้รับค่าแรงวันละ 30 บาท ช่วงวัยรุ่นธนาธรเคยทำงานรับจ้างเป็นพนักงานล้างจานเต็มเวลาในร้านอาหารแห่งหนึ่งในสหรัฐ[3]

เขาจบการศึกษาระดับประถมถึงมัธยมต้นจากโรงเรียนเซนต์ดอมินิก มัธยมปลายจากโรงเรียนเตรียมอุดมศึกษา[4] และเข้าศึกษาต่อในภาควิชาวิศวกรรมเครื่องกล หลักสูตรวิศวกรรมศาสตรบัณฑิตสองสถาบัน (หลักสูตรนานาชาติ) คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และมหาวิทยาลัยนอตทิงแฮม ประเทศอังกฤษ ขณะเรียนปริญญาตรีเขาเริ่มสนใจกิจกรรมนักศึกษา[5] จนกระทั่งในปี พ.ศ. 2542 ธนาธรได้รับเลือกเป็นอุปนายกองค์การนักศึกษามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ (อมธ.) และในปี พ.ศ. 2543 ได้รับเลือกเป็นรองเลขาธิการสหพันธ์นิสิตนักศึกษาแห่งประเทศไทย (สนนท.)[5]

หนังสือพิมพ์ ผู้จัดการ ลงว่า สมัยเป็นนักศึกษาธนาธรได้รับการขนานนามว่าเป็น “แอ็กติวิสต์ซ้ายจัด” และเป็นหนึ่งในผู้ออกทุนก่อตั้งสำนักพิมพ์ฟ้าเดียวกันเป็นจำนวนสองแสนบาท[4][6][ต้องการแหล่งอ้างอิงดีกว่านี้]

ด้วยความสนใจในบ้านเมืองรวมทั้งแนวคิดและทฤษฎีทางเศรษฐศาสตร์ เขาจึงตัดสินใจศึกษาต่อในระดับปริญญาโท สาขาเศรษฐศาสตร์การเมือง ที่จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย นอกจากนี้ยังได้ศึกษาต่อในระดับปริญญาโทใบที่ 2 สาขาการเงินโลกที่มหาวิทยาลัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีฮ่องกงและมหาวิทยาลัยนิวยอร์ก และศึกษาต่อปริญญาโทใบที่ 3 สาขากฎหมายธุรกิจระหว่างประเทศ ที่มหาวิทยาลัยแซงต์ กาลเลิน ประเทศสวิตเซอร์แลนด์[3]

เมื่อสำเร็จการศึกษา เขาเข้าทำงานในองค์การนอกภาครัฐกลุ่มเพื่อนประชาชน (FOP) ได้พักหนึ่ง เขายังแสดงความเห็นทางการเมืองผ่านสื่ออยู่เป็นระยะ ๆ ทั้งยังเปิดเผยด้วยว่า ตมีความคิดที่จะเล่นการเมือง[4]