นกขุนทองมีชนิดย่อยทั้งหมด 8 ชนิด ได้แก่

• G. r. andamanensis (Beavan, 1867) พบในเทือกเขาอันดามัน หมู่เกาะอันดามัน บริเวณตรงกลางของหมู่เกาะนิโคบาร์
• G. r. batuensis พบในเกาะบาตูและเกาะมันตาวี
• G. r. halibrecta (Oberholser, 1926) พบในส่วนอื่นของหมู่เกาะนิโคบาร์
• G. r. intermedia ภาคเหนือและภาคตะวันตกของอินโดนีเซียและตะวันตกเฉียงเหนือของอินเดียและจีนตอนใต้ (นกขุนทองเหนือ)
• G. r. palawanensis พบในเกาะปาลาวันของฟิลิปปินส์
• G. r. peninsularis พบในภาคกลางของอินเดีย
• G. r. religiosa พบในภูมิภาคซุนดา (ยกเว้นเกาะซูลาเวซี) และมาเลเซียตะวันตก (นกขุนทองใต้)
• G. r. venerata พบในภาคตะวันตกของภูมิภาคซุนดา