ขนาดประชากรของนกนางแอ่นแม่น้ำแอฟริกายังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด ตอนปลายคริสต์ทศวรรษ 1980 สามารถพบเห็นได้บ่อยในท้องถิ่นและพบเห็นนกอพยพจำนวนมากในประเทศกาบอง แต่ไม่เป็นที่ทราบมากนักถึงจำนวนประชากรในสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโก และไม่เป็นที่ทราบความถึงสัมพันธ์ของการผสมพันธุ์วางไข่ของนกในสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโกกับการผสมพันธุ์วางไข่ในบริเวณพื้นที่ชายฝั่งของประเทศกาบองและสาธารณรัฐคองโก มีการพบฝูงนกถึง 15,000 ตัวในปี ค.ศ. 1997 ซึ่งถ้ารวมนกจาบคาสีกุหลาบ (Merops malimbicus) ด้วยแล้วจะมีนกถึง 100,000 ตัว และมีการพบนกสองสามร้อยตัวที่อุทยานแห่งชาติคอนเคาติ-โดลิ (Conkouati-Douli National Park) ในปี ค.ศ. 1996 แต่เนื่องจากไม่มีรายละเอียด นกชนิดนี้จึงถูกจัดเป็นยังไม่มีข้อมูล (DD) โดย IUCN[1]

ในคริสต์ทศวรรษ 1950 นกแอ่นแม่น้ำแอฟริกาโดนจับและรับประทานจำนวนมากในสาธารณรัฐประชาธิปไตยคองโกโดยคนท้องถิ่น และการกระทำเช่นนี้อาจกำลังเพิ่มขึ้น แม้อาณานิคมการผสมพันธุ์วางไข่บริเวณตลิ่งทรายริมแม่น้ำมีแนวโน้มที่จะถูกน้ำท่วม[1] แต่ก็มีนกจำนวนหลายพันตัวมาผสมพันธุ์วางไข่บริเวณทุ่งหญ้าทางตะวันออกของเมืองแกมบา (Gamba) เมื่อปี ค.ศ. 2005[12]