นกหัวโตกินปูมีความยาวจากปลายปากถึงปลายหาง 38–41 เซนติเมตร ลำตัวค่อนข้างอวบ คอสั้น หัวโตและทุย ตาโต ปากสั้นกว่าหัว แต่มีขนาดใหญ่ ขายาว ดูไม่ได้สัดส่วนกับลำตัว ลักษณะเด่นชัดของนกชนิดนี้คือ ปากสีดำของมัน เพราะมีขนาดใหญ่ และดูยาว แม้ว่าปากจะสั้นกว่าหัว แต่ปลายปากแหลม ใช้ประโยชน์ในการทิ่มแทงปูและขบกระดองปูให้แตกหัก ปากแบนข้าง แข็งแรง และตรงอย่างกับท่อนไม้ และปากล่างหักมุม ขณะยืนหรือเดิน ปลายปีกยาวพอ ๆ กับปลายหางหรือยาวกว่าเล็กน้อย นิ้วเท้าแข็งแรง ค่อนข้างสั้นเมื่อเทียบกับขาอันยาวของมัน มีข้างละ 4 นิ้ว ยื่นไปข้างหน้า 3 นิ้ว และยื่นไปข้างหลัง 1 นิ้ว แต่นิ้วเท้าหน้าทั้ง 3 นิ้วมีแผ่นพังผืดขึงระหว่างโคนนิ้วเล็กน้อย และนิ้วเท้าหลังใหญ่ผิดกับนกชายเลนชนิดอื่น จึงทำให้เท้าของมันแข็งแรงมาก ทั้งนี้อาจเป็นเพราะต้องใช้นิ้วเท้าช่วยในการขุดทรายเพื่อทำโพรงรัง