มหานครนิวยอร์กมีสถานีรถไฟที่สำคัญ 2 แห่ง หนึ่งในนั้นคือ สถานีแกรนด์เซ็นทรัลเทอร์มินัล (ในภาพ)

ระบบขนส่งสาธารณะของเมืองถือว่ามีความสำคัญอย่างมากกับการเดินทางของชาวนิวยอร์ก โดยคิดเป็น 1 ใน 3 ของผู้ใช้ระบบขนส่งในสหรัฐอเมริกา และ 2 ใน 3 ของผู้ใช้การขนส่งระบบรางอาศัยอยู่ในนิวยอร์กและพื้นที่ใกล้เคียง ซึ่งนั้นตรงกันข้ามกับวิถีของคนส่วนใหญ่ในประเทศนี้ที่ 90% ใช้รถยนต์ส่วนตัวไปทำงาน นิวยอร์กเป็นเพียงเมืองเดียวในสหรัฐอเมริกาที่ประชากรในท้องถิ่นกว่าครึ่งไม่มีรถยนต์ส่วนตัว (โดยเฉพาะในแมนแฮตตัน กว่า 75% ของผู้พักอาศัยไม่มีรถยนต์ส่วนตัว หรือคิดเป็น 8% ของคนทั้งสหรัฐอเมริกา) และรายงานของสำนักงานสำมะโนประชากรสหรัฐอเมริกา (US Census Bureau) พบว่าผู้พักอาศัยในนิวยอร์กจะใช้เวลาเฉลี่ยกับการเดินทางไปทำงานประมาณ 38.4 นาที ต่อวัน ซึ่งนั้นถือเป็นเวลาที่ใช้ในการเดินทางนานที่สุดในกลุ่มเมืองขนาดใหญ่ของสหรัฐอเมริกาการขนส่งระหว่างเมืองนิวยอร์กให้บริการในระบบรางโดย เอมแทรค (Amtrak) มีสถานีเพนซิลเวเนีย เป็นสถานีหลัก เชื่อมการเดินทางระหว่างนิวยอร์กไปยัง บอสตัน ฟิลาเดลเฟีย และวอชิงตัน ดี.ซี.

รถไฟใต้ดินนิวยอร์ก จัดว่าเป็นระบบขนส่งความเร็วสูง (Rapid Transit) ที่ใหญ่ที่สุดในโลก ซึ่งนับจากสถานีที่มากถึง 468 สถานี และมีผู้ใช้บริการต่อปีมากสุดเป็นอันดับที่ 3 ของโลก (ผู้โดยสารประมาณ 1.5 พันล้านคน ใน ค.ศ. 2006) รถไฟใต้ดินมหานครนิวยอร์กมีจุดหนึ่งที่น่าสนใจคือ การให้บริการตลอด 24 ชั่วโมงทุกวัน ผิดกับรถไฟใต้ดินในเมืองอื่นๆ ที่จะปิดให้บริการในเวลากลางคืน ไม่ว่าจะเป็น ลอนดอน ปารีส วอชิงตัน ดี.ซี. มาดริด โตเกียว หรือ กรุงเทพมหานคร ระบบการคมนาคมในนิวยอร์กจัดได้ว่าสามารถให้บริการได้อย่างครอบคลุมและซับซ้อน ซึ่งรวมถึงสะพานแขวนที่ยาวที่สุดในอเมริกาเหนือ อุโมงค์รถยนต์ที่มีความทันสมัยแห่งแรกของโลก แท็กซี่เยลโล่ แคป (Yellow Cabs) มากกว่า 12,000 คัน กระเช้าไฟฟ้า (Aerial Tramway) ที่ให้บริการระหว่าง รูสเวลท์ ไอส์แลนด์ (Roosevelt Island) และแมนแฮตตัน และเรือเฟอร์รี่ที่เชื่อมระหว่างแมนแฮตตันกับพื้นที่อื่นๆ นอกเมือง โดยมีสแตนตัน ไอส์แลนด์ เฟอร์รี่ ซึ่งถือเป็นเรือเฟอร์รี่ที่มีผู้ใช้บริการมากถึง 19 ล้านคนต่อปี ให้บริการในระยะทาง 5.2 ไมล์ (8.4 กิโลเมตร) ระหว่างสแตนตัน ไอส์แลนด์ และแมนแฮตตันตอนใต้รถโดยสารประจำทาง และโครงข่ายระบบรางของนิวยอร์ก ถือได้ว่ามีขนาดใหญ่ที่สุดในอเมริกาเหนือ โครงข่ายระบบรางจะเชื่อมกับพื้นที่ชานเมืองของรัฐที่อยู่ใกล้เคียง 3 รัฐ (Tri-state Region) ประกอบไปด้วยพื้นที่ทางตอนใต้ของรัฐนิวยอร์ก (รวมโบโรห์ทั้ง 5 ของเมืองนิวยอร์กด้วย) พื้นที่ตอนเหนือของรัฐนิวเจอร์ซีย์ และพื้นที่ตะวันตกเฉียงใต้ของรัฐคอนเนตทิคัต โดยมีสถานีมากกว่า 250 แห่ง ใน 20 เส้นทาง สถานีหลักคือแกรนด์เซ็นทรัลเทอร์มินัล และสถานีเพนซิลเวเนีย

ระบบรถโดยสารประจำทาง และระบบรถไฟในนิวยอร์กนั้นจะเป็นส่วนเดียวกัน ตั๋วรถไฟและตั๋วรถประจำทางสามารถใช้ร่วมกันได้ โดยรถไฟจะวิ่งในแนวเหนือใต้ ขณะที่รถโดยสารประจำทางส่วนใหญ่จะวิ่งในแนวตะวันออกตะวันตก

อาคารสายการบินทีดับเบิลยูเอ (The TWA Flight Center) ที่ท่าอากาศยานนานาชาติจอห์น เอฟ. เคนเนดี จัดว่าเป็นอาคารผู้โดยสารที่ได้ชื่อว่ามีเอกลักษณ์โดดเด่นแห่งหนึ่งของโลก

นิวยอร์กยังติดอันดับเมืองที่มีการขนส่งทางอากาศมากที่สุด ผู้มาเยือนส่วนใหญ่จะใช้นิวยอร์กเป็นประตูเข้าสู่สหรัฐอเมริกา ในพื้นที่ของเมืองมีท่าอากาศยานที่สำคัญอยู่ถึง 3 แห่ง คือ ท่าอากาศยานนานาชาติจอห์น เอฟ. เคนเนดี (JFK) ท่าอากาศยานนานาชาตินูอาร์ก ลิเบอร์ตี (EWR) และท่าอากาศยานลากวาเดีย (LGA) นอกนั้นยังมีแผนที่จะสร้างท่าอากาศยานแห่งที่ 4 คือ ท่าอากาศยานนานาชาติสจ๊วต (SWF) ใกล้กับเมืองนิวเบิร์ก รัฐนิวยอร์ก ภายใต้ความรับผิดชอบของการท่าแห่งนิวยอร์กและนิวเจอร์ซีย์ (Port Authority of New York and New Jersey) เพื่อที่จะรองรับกับปริมาณผู้โดยสารที่เพิ่มขึ้น ใน ค.ศ. 2005 มีนักท่องเที่ยวประมาณ 100 ล้านคน ที่ใช้ท่าอากาศยานทั้ง 3 แห่งในการเดินทาง การจราจรทางอากาศในนิวยอร์กถือว่ามีความหนาแน่นที่สุดแห่งหนึ่งในสหรัฐอเมริกา

การเดินทางด้วยจักรยานก็ยังมีให้เห็นในนิวยอร์ก มีผู้ใช้จักรยานประมาณ 120,000 คนต่อวัน และยังมีผู้คนอีกจำนวนมากที่อาศัยการเดินเท้า การเดินและการใช้จักรยานในการเดินทางมีอัตราอยู่ประมาณ 21% จากแต่ละวิธีในการเดินทางในเมือง

อีกองค์ประกอบของระบบคมนาคมขนส่งในนิวยอร์ก ก็คือ ทางด่วน (Expressways) และทางธรรมดา (Parkways) ที่มีโครงข่ายที่ครอบคลุม เชื่อมต่อนิวยอร์กไปยังตอนเหนือของรัฐนิวเจอร์ซีย์ เวสต์เชสเตอร์ เคาน์ตี้ ลองไอแลนด์ และตะวันตกเฉียงใต้ของรัฐคอนเนตทิคัต โดยผ่านทั้งสะพาน และอุโมงค์ใต้น้ำ (ค่าผ่านทางประมาณ $7-$15 ต่อรอบ) เส้นทางดังกล่าวได้ให้ความสะดวกกับการเดินทางสู่นิวยอร์กสำหรับผู้ที่พักอาศัยอยู่ในแถบชานเมือง แต่ในบางครั้งก็ยังต้องเผชิญกับปัญหาการจราจรติดขัด โดยเฉพาะในชั่วโมงเร่งด่วน สะพานจอร์จ วอชิงตัน หนึ่งในเส้นทางเชื่อมต่อ ก็เป็นสะพานแห่งหนึ่งของโลกที่มีการจราจรที่คับคั่งที่สุด

ผังเมือง

ระบบคมนาคมขนส่งและถนนในนิวยอร์ก เป็นระบบที่มีคุณภาพและเป็นหน้าตาของเมือง เป็นผลมาจากรูปแบบการวางผังเมืองด้วยโครงสร้างที่มีประสิทธิภาพ ผังเมืองในแมนแฮตตันถูกออกแบบมาในลักษณะแนวสี่เหลี่ยมตัดกัน (Grid Plan) เมื่อมองจากทางอากาศจะเห็นถนนวางตัวหลักเป็นแนวสี่เหลี่ยมอย่างเป็นระเบียบเรียบร้อย โดยจะมีระบบชื่อเรียกถนนว่า “สตรีท” และ “อเวนิว” ถนนที่วิ่งแนวตะวันออก-ตะวันตก จะใช้ชื่อว่า “สตรีต” และตัวเลขของถนนจะนับจากทิศใต้เพิ่มขึ้นเรื่อย ในขณะเดียวกันถนนที่วิ่งแนวเหนือ-ใต้ จะใช้ชื่อว่า “อเวนิว” ซึ่งตัวเลขถนนจะเริ่มต้นจากทิศตะวันออกจากแม่น้ำอีสต์ไปสู่ทิศตะวันตกจบที่แม่น้ำฮัดสัน การวางผังเมืองในรูปแบบนี้ทำให้สะดวกต่อการค้นหาสถานที่ โดยการบอกตำแหน่งของอาคารหรือสำนักงานส่วนใหญ่ จะบอกเป็นชื่อของถนนสองเส้นที่ตัดกัน เช่น ตึกเอมไพร์สเตต ตั้งอยู่ที่อเวนิว 5 (5th Avenue) ตัดกับสตรีต 34 (34th Street) ซึ่งถ้าต้องการเดินทางจากไทม์สแควร์ (สตรีต 42 ตัดกับ อเวนิว 7) จะทำให้ทราบได้เลยว่าต้องเดินทางไปทิศตะวันออกเฉียงเหนือจึงจะถึงเอมไพร์สเตต

นอกจานั้นแล้วชื่อของถนน (สตรีท และ อเวนิว) บางแห่งยังมีชื่อเรียกเฉพาะ อย่างเช่น บรอดเวย์ (ภาพยนตร์) วอลล์สตรีท (การเงิน) และเมดิสันสแควร์ อเวนิว (การโฆษณาองค์กร) ตามแต่ลักษณะของอุตสาหกรรมหรือธุรกิจที่ตั้งอยู่นั้นย่านนั้น

สำหรับผังเมืองในโบโรห์อื่นก็ถูกออกแบบมาในลักษณะแนวสี่เหลี่ยมเช่นเดียวกับในแมนแฮตตัน แต่การวางแนวถนนโดยแบ่งเป็นเหนือใต้ หรือตะวันออกตะวันตกจะไม่แน่นอน