ในนครแพร่ และนครประเทศราชล้านนา มีศาสนาหลักที่ประชาชนทั่วไปนับถือคือพุทธศาสนา นอกจากพุทธศาสนาแล้วประชาชนยังนับถือผี ซึ่งเป็นความเชื่อแต่โบราณของดินแดนแถบนี้ เป็นการแสดงความยำเกรงและเคารพ ต่อบรรพบุรุษผู้ล่วงลับ

พุทธศาสนาในล้านนาถือว่ามีความแข็มแข็งมาก ส่วนหนึ่งเป็นผลมาจากเจ้านายล้านนา ที่โปรดการสร้างสมบุญบารมีด้วยการทำนุบำรุงศาสนาอย่างมาหมาย การทำนุบำรุงศาสนาไม่เพียงแต่แสดงถึงศรัทธาในศาสนาของเจ้านายและไพร่พลในบ้านเมือง ยังแสดงให้เห็นถึงความเข็มแข็งทางการเมืองและการฟื้นตัวทางเศรษฐกิจของบ้านเมือง

หัวเมืองนครล้านนานั้น มีสังฆมณฑลเป็นของตนเองแยกจากพระนครกรุงเทพฯ มี พระสังฆราชา เป็นประมุข รองมาคือ สวามีสังฆราชา, มหาราชครู และ ราชครู