นายนพดล ปัทมะ ถูกคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติดำเนินคดีตาม คดีหมายเลขดำ อม.3/2556[4] โดยคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.) เป็นโจทก์ยื่นฟ้อง นายนพดล ปัทมะ อดีต รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ และที่ปรึกษากฎหมายของ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี เป็นจำเลย ในความผิดฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบเพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้ใดผู้หนึ่งตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 157 ในกรณีที่นายนพดลไปลงนามในแถลงการณ์ร่วมไทย-กัมพูชา ฉบับลงวันที่ 18 มิถุนายน 2551 ที่สนับสนุนให้ประเทศกัมพูชาขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารเป็นมรดกโลกโดยไม่ผ่านการพิจารณาของรัฐสภาไทย[5]โดยภายหลังศาลฏีกาแผนกคดีอาญานักการเมืองมีมติรับฟ้อง[6]เมื่อ วันที่ 25 เมษายน พ.ศ. 25564 กันยายน 2558 - ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมือง นัดอ่านคำพิพากษาในคดี ที่ คณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ หรือ ป.ป.ช. เป็นโจทห์ ยื่นฟ้อง นายนพดล ปัทมะ อดีต รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการต่างประเทศ สมัยรัฐบาล นายสมัคร สุนทรเวช เมื่อปี 2551 เป็นจำเลย ในความผิดฐานเป็นเจ้าพนักงานปฏิบัติ หรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ผู้ใดผู้หนึ่งตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 157 ในกรณีที่ นายนพดล ไปลงนามในแถลงการณ์ร่วมไทย - กัมพูชา ฉบับลงวันที่ 18 มิถุนายน ปี 2551 สนับสนุนให้ประเทศกัมพูชาขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารเป็นมรดกโลก โดยไม่ผ่านการพิจารณาของรัฐสภาไทย

โดยนายนพดลได้เดินทางมาฟังคำพิพากษาด้วยตนเอง เมื่อผู้สื่อข่าวถามว่ามีความมั่นใจแค่ไหน นายนพดลได้หันมามองและพยักหน้าด้วยสี อมยิ้มเล็กน้อยและได้เดินเข้าไปยังศาล

อย่างไรก็ตามนายจาตุรนต์ ฉายแสง แกนนำพรรคเพื่อไทย นายชวลิต วิชัยสุทธิ์ รักษาการรองเลขาธิการพรรคเพื่อไทย พร้อมส.ส.พื้นที่กรุงเทพมหานครเดินทางมาร่วมรับฟังและให้กำลังใจ

ศาลฏีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองได้อ่านคำพิพากษาโดยมีมติ 6 ต่อ 3 ยกฟ้องนายนพดล ไม่มีความผิดฐานละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 157 โดยให้เหตุผลว่า จำเลยไม่ได้มีเจตนาการละเว้นการปฏิบัติหน้าที่ การลงนามแถลงการร่วมดังกล่าวมีความสมเหตุสมผลถูกต้องตามสถานการณ์ ไม่กระทบต่อสิทธิทางเขตแดนและการทวงคืนเขาพระวิหารในอนาคต

ทั้งนี้นายนพดลได้ให้สัมภาษณ์ว่า น้ำตาไหลตั้งแต่องค์คณะตุลาการได้อ่านคำพิพากษาตั้งแต่อ่านยังไม่จบ ซึ่งคดีนี้ใช้เวลานานมากว่า7ปี ที่ความจริงจะปรากฏ ตนรู้สึกดีใจและตื้นตันที่ได้รับความเป็นธรรมจากศาล และขอบคุณทุกคนที่มาให้กำลังใจ ขออโหสิกรรมให้ทุกคนที่เข้าใจตนผิดมาตลอด ว่ากล่าวหาตนขายชาติทำให้เสียดินแดนเขาพระวิหารไป และตนขอให้ทุกฝ่ายสบายใจได้ จะไม่มีการฟ้องกลับ สำนักงานป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติรวมถึงนางรสนา โตสิตระกูล ทั้งยังนายสมชาย แสวงการที่กล่าวหาว่าตนและพันตำรวจโททักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี มีผลประโยชน์ทับซ้อนกับประเทศกัมพูชา

นอกจากนี้จะไม่นำคำพิพากษาของศาลไปใช้ผลประโยชน์ทางการเมือง และตนไม่ได้คุยกับ พันตำรวจโททักษิณมาเป็นเวลานานแล้ว ไม่ได้คุยกันคดีนี้ จากนี้จะกลับไปพักผ่อนที่บ้านและไปทำบุญ ส่วนการเดินทางไปต่างประเทศนั้นยังไม่สามารถเดินทางไปได้เนื่องจากติดคำสั่ง พร้อมขอบคุณข้าราชการกระทรวงต่างประเทศที่มาเป็นพยานในคดี ซึ่งคำแถลงการณ์ร่วมแม้ว่าจะถูกโจมตีอย่างไรก็ตาม ก็พิสูจน์ได้ว่าคำแถลงการณ์ร่วมสามารถนำไปใช้ประโยชน์ในการสู้คดีที่ศาลโลก

อีกทั้ง วินิจฉัยว่าหนังสือแถลงการณ์ร่วมไม่ใช่หนังสือสัญญา หรือสนธิสัญญาจึงไม่อาจบอกได้ว่าจำเลยหลีกเลี่ยงการนำหนังสือไปให้รัฐสภาพิจารณา และอีกทั้งยังไม่ปรากฏหลังฐานว่านายนพดล และพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร ได้รับประโยชน์หนังสือสนธิสัญญานี้[7]