ยุคกลางและยุคใหม่

นางาซากิ เดิมเป็นหมู่บ้านชาวประมงขนาดเล็ก และมีความสำคัญทางประวัติศาสตร์เพียงเล็กน้อย จนกระทั่งได้เริ่มติดต่อกับนักสำรวจชาวโปรตุเกสในปี ค.ศ. 1543 ซึ่งผู้นำของคณะสำรวจแรกนั้น คือ เฟอร์เนา เมนเดส ปินโต ที่เดินทางมาด้วยเรือโดยเทียบท่าใกล้ ๆ กับทาเนงาชิมะ เกาะในหมู่เกาะโอซูมิ

โปรตุเกสนั้นได้ออกสำรวจโลกและค้าขายกับชาติต่าง ๆ มากมาย หนึ่งในนั้นคือ จีน ซึ่งก่อนหน้าที่โปรตุเกสจะเข้ามา ญี่ปุ่นได้หยุดการค้าขายกับจีนอันเนื่องมาจากการปล้นชิงทรัพย์ที่บ่อยครั้งของโจรสลัด วอโก้ว ในทะเลจีนใต้ การเข้ามาของโปรตุเกสทำให้โปรตุเกสสามารถเป็นตัวกลางด้านการค้าขายให้กับทั้งสองชาติได้ซึ่งจะเป็นประโยชน์แก่ทุกฝ่าย ด้วยระยะเวลาที่ไม่นานนัก โปรตุเกสก็ได้รับความไว้วางใจจากเหล่าชาติตะวันออก อย่างไรก็ตาม การขาดแคลนท่าเรือที่มีประสิทธิภาพในคีวชู ได้เป็นปัญหาที่สำคัญสำหรับโปรตุเกสตลอดจนบรรดาเจ้าเมืองในคีวชู ที่คาดหวังผลประโยชน์จากปริมาณการค้าขายที่มากขึ้น

ขณะเดียวกัน เหล่ามิชชันนารีคณะเยสุอิตจากราชอาณาจักรนาวาร์ นำโดยบาทหลวงฟรันซิสโก คาเบียร์ ก็ได้เดินทางมาถึงคาโงชิมะ หมู่บ้านทางตอนใต้ของคีวชู ในปี 1549 และเริ่มการเผยแผ่คำสอนของพระคริสตเจ้าไปทั่วเกาะญี่ปุ่น ผู้ติดตามของบาทหลวงคาเบียร์ยังเป็นผู้อยู่เบื้องหลังการที่ไดเมียวจำนวนมากเปลี่ยนไปนับถือคริสต์ หนึ่งในนั้นคือไดเมียวโอมูระ ซูมิตากะซึ่งได้รับผลประโยชน์มหาศาลจากส่วนแบ่งทางการค้า จากการที่เขานับถือศาสนาคริสต์อย่างลับ ๆ โดยในปี 1569 โอมูระได้รับอนุญาตจากเบื้องบนให้จัดตั้งท่าเรือสำหรับเรือโปรตุเกสในนางาซากิ ซึ่งแล้วเสร็จในปี 1571 โดยท่าเรืออยู่ภายใต้การกำกับของคณะเยสุอิต กัสปาร์ วีเลลาร์ และเรือตรีทริสเตา วาซ เดอ เวกา ผู้ว่าการแห่งมาเก๊า โดยการช่วยเหลือส่วนตัวจากโอมูระ[1]