เมืองนางาซากิ (ญี่ปุ่น: 長崎市 โรมาจิ: Nagasaki-shi) ( ฟัง (วิธีใช้·ข้อมูล) ) เป็นเมืองเอกและเมืองที่ใหญ่ที่สุดในจังหวัดนางาซากิ บนเกาะคีวชู ประเทศญี่ปุ่น นางาซากิถูกก่อตั้งขึ้นโดยชาวโปรตุเกสในปลายศตวรรษที่ 16 ซึ่งขณะนั้นเป็นเพียงหมู่บ้านเล็ก ๆ เพื่อการประมง ซึ่งทำให้นางาซากิกลายเป็นศูนย์กลางอิทธิพลของชาวโปรตุเกสและชาวยุโรป ตั้งแต่ศตวรรษที่ 16 ถึง 19 มีโบสถ์และศาสนสถานของศาสนาคริสต์มากมายในนางาซากิ ซึ่งศาสนสถานเหล่านี้ได้ขึ้นทะเบียนให้เป็นมรดกโลก นอกเหนือไปจากนี้ ท่าเรือในนางาซากิยังเคยเป็นที่ตั้งของฐานทัพเรือของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่น ระหว่างสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่หนึ่ง และ สงครามรัสเซีย-ญี่ปุ่น นามของเมืองว่า "นางาซากิ" (長崎) มีความหมายว่า "แหลมที่ทอดยาว"ระหว่างสงครามโลกครั้งที่สอง 9 สิงหาคม ค.ศ. 1945 นางาซากิเป็นเมืองที่สองถูกทิ้งระเบิดนิวเคลียร์ และเป็นเมืองสุดท้ายของโลกที่ถูกโจมตีด้วยอาวุธนิวเคลียร์จนถึงปัจจุบัน