ปัจจุบัน มีนินจุตสึเพียงสามสายวิชาที่คงเหลืออยู่ได้แก่ โตกาคุเระ ริว นินโป (Togakure-ryu Ninpo), เกียวคุชิน ริว นินโป (Gyokushin-ryu Ninpo) และ คุโมกาคุเระ ริว นินโป (Kumogakure-ryu Ninpo) โดยที่สามวิชามีการสืบทอดโดยตรงสู่ปรมาจารย์ มาซากิ ฮัตซึมิ เจ้าสำนักบูจินกัน ปัจจุบันสำนักที่มีการสอนนินจุตสึโดยแยกตัวมาจากสำนักบูจินกันเพิ่มอีกสองสำนัก ทำให้มีโรงฝึกนินจุตสึที่เชื่อถือได้สามสำนัก ได้แก่

• บูจินกัน

มีผู้สืบทอดคือ มะซากิ ฮัตซึมิ เป็นผู้สืบทอดความเป็นเจ้าสำนักลำดับที่ 34 ของ โตกะกุเระริว นินโป

โดยได้รับสืบทอดจาก ทากามัสสึ โทชิสุกุ ซึ่งได้ชื่อเป็นนินจาที่แท้จริงคนสุดท้าย

• เกนบูกัน

ถูกก่อตั้งมาในปี 1984 โดยโชโต้ ทาเนมูระ อดีตลูกศิษย์ของ มาซึอะกิ ฮะซึมิ ได้ออกจากบูจินกันเมื่ออยู่ในระดับสายดำขั้นที่แปด

ต่อมาได้เข้าฝึกกับลูกศิษย์บางคนของ ทากามัสสึ โทชิสุกุ และ ก่อตั้ง เกนบูกันขึ้น

• จิเนนกัน

ถูกก่อตั้งมาในปี 1996 โดย ฟุมิโอะ มานากะ อดีตลูกศิษย์ของ มาซึอะกิ ฮะซึมิ แยกตัวเปิดสำนักของตัวเองเมื่อปี 1996

ถึงแม้ว่าทั้ง 3 สำนักข้างต้นจะได้รับการสืบทอดวิชาโดยปรมาจารย์ที่แท้จริง แต่ก็ไม่สามารถถือว่าเป็นนินจุตสึที่สมบูรณ์แบบ 100% ได้

เหตุที่เป็นเช่นนี้เพราะว่าผู้คิดค้นวิชาต้นฉบับดั้งเดิมนั้นค่อนข้างที่จะหวงวิชา ไม่อยากเผยแพร่เนื้อหาสำคัญให้บุคคลภายนอกรับรู้เพื่อป้องกันมิให้ข้าศึกแอบแฝงตัวมาฝึกและเก็บเกี่ยววิชาไปใช้