นินจุตสึ (คันจิ: 忍術, โรมะจิ: Ninjutsu) หมายถึง วิชาการต่อสู้ของนินจา เป็นวิชาการต่อสู้โบราณที่สูญหายของญี่ปุ่น มีประวัติไม่แน่นอน แต่คาดกันว่ามีพระจาริกนำมาจากเมืองจีน และเมื่อได้เข้ามาในญี่ปุ่นก็ปรับเปลี่ยนไปตามประเพณีและวัฒนธรรมญี่ปุ่น ในอดีตมีสำนักของนินจุตสึอยู่ทั่วประเทศญี่ปุ่นกว่า 20 สำนัก กลุ่มของนินจาที่โด่งดังของญี่ปุ่นในอดีตได้แก่ อิกะ โคกะ ฟูมะ แต่หลังจากถูกกวาดล้างจากสงครามของ โอดะ โนบุนากะ จึงทำให้วิชาจำนวนมากหายสาบสูญไป ในบางช่วงของประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นวิชานินจุตสึถูกสั่งห้ามไม่ให้ฝึก ทำให้คนรู้จักวิชานี้หลงเหลืออยู่น้อยมาก แม้จะเป็นผู้สืบทอดวิชาตัวจริงก็รับรู้ได้เพียงเนื้อหาบางส่วนที่ยังหลงเหลืออยู่เท่านั้น