นิพนธ์ ศรีธเรศ เกิดเมื่อวันที่ 9 เมษายน พ.ศ. 2497 เป็นบุตรของนายเคน และนางเทา ศรีธเรศ มีพี่น้อง 7 คน หนึ่งในนั้นคือนายสังข์ทอง ศรีธเรศ (เสียชีวิต) อดีตรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการ ในรัฐบาลพลเอกชวลิต ยงใจยุทธ สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขาประวัติศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ มหาสารคาม สมรสกับนางประยงค์ มีบุตร 2 คน

นิพนธ์ยังมีศักดิ์เป็นน้องเขยของนางบุญรื่น ศรีธเรศ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงศึกษาธิการในรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร