นีโอบอมเบอร์แมนเป็นเกมแอ็กชันวงกตที่เล่นเหมือนกับเกมอื่น ๆ ในแฟรนไชส์บอมเบอร์แมน ในเกมนี้ ผู้เล่นจะได้ควบคุมตัวละครโดยตำแหน่งซึ่งมีวัตถุประสงค์หลักในการทำลายมอนสเตอร์ทั้งหมดที่อยู่เต็มสนามด้วยการวางระเบิด[7] และการชนะมอนสเตอร์ทั้งหมดจะเปิดประตูของด่านและนำผู้เล่นไปยังพื้นที่ถัดไป[8]

เพื่อช่วยในการทำลายมอนสเตอร์ ผู้เล่นสามารถวางระเบิดซอฟต์บล็อก ซึ่งอาจค้นพบไอเทมที่มีประโยชน์ ไอเทมดังกล่าวได้แก่ สิ่งที่เพิ่มจำนวนระเบิดที่สามารถวางได้ในคราวเดียว, ระยะหรือการระเบิดของระเบิด หรือความเร็ว นอกจากนี้ ยังมีไอเทมสำหรับผ่านซอฟต์บล็อกและระเบิด, เตะและขว้างระเบิด ตลอดจนสร้างระเบิดควบคุมจากระยะไกลหรือทะลวงหลายบล็อกในคราวเดียว ส่วนด่านต่อมาจะแนะนำส่วนสำคัญเพิ่มเติม เช่น การช่วยชีวิตตัวละครบอมเบอร์แมนคนอื่น ๆ ซึ่งจะช่วยผู้เล่นตลอดทั้งด่านนั้น และศัตรูที่สามารถขี่หรือขับเคลื่อนหลังจากปราบพวกมันได้

เกมนี้ได้ยกให้ผู้เล่นสูงสุดสองคนเล่นผ่านการทัพผู้เล่นเดี่ยวร่วมกันได้ แต่เช่นเดียวกับภาคอื่น ๆ ที่ส่วนใหญ่ก็มีโหมดประจัญบานเช่นกัน[7][9] โดยในโหมดประจัญบานเ ผู้เล่นสามารถเลือกหนึ่งในสิบตัวละครที่แตกต่างกันและปะทะกับคู่ต่อสู้ที่ควบคุมด้วยคอมพิวเตอร์ได้มากถึงสามคนในห้ายกในสี่สนามที่ต่างกัน[9] เช่นเดียวกับโหมดเนื้อเรื่อง ผู้เล่นสามารถทำลายซอฟต์บล็อกเพื่อค้นพบไอเทมที่จะช่วยพวกเขาได้ หากผู้เล่นคนที่สองเข้าร่วม เกมจะเปลี่ยนเป็นโหมดประจัญบานแบบตัวต่อตัว และผู้ชนะการแข่งดังกล่าวจะเล่นเกมต่อจากตรงนั้น