ในช่วงทศวรรษที่ 70 โลกต้องเผชิญภัยคุกคามที่น่าหวาดกลัวอันเนื่องมาจากการจับยึดตัวประกัน การก่อวินาศกรรม และการลอบสังหาร โดยกลุ่มที่อ้างตัวผู้ก่อการร้าย ตามแบบสงครามอสมมาตร ภัยคุกคามนี้ได้อยากตัวจากความขัดแย้งในอาหรับและอิสราเอล ไปสู่รัฐสนับสนุนต่าง ๆ ในการก่อตั้งอิสราเอล และเป็นที่นิยมอย่างมากในกลุ่มประเทศที่นับถืออิสลาม การแนวทางที่กลุ่มก่อการร้ายใช้ ทำให้หลายประเทศตระหนักถึงความร้ายแรง และความน่ากลัวที่จะเกิดขึ้น และส่งผลกระทบต่อความสงบสุขของรัฐ จนทำให้หลายประเทศต่างตกลงกันที่จะแบ่งแยกความแตกต่างของอาชญากรรม และการก่อการร้าย เพื่อให้รัฐภาคีใช้วิธีทางกฎหมายเพื่อระงับยับยั้งและจับกุม

ประเทศไทยขณะนั้นยังไม่ได้ตระหนักถึงภัยคุกคามนี้อย่างเด่นชัด เพียงแต่มีหน่วยงานบางหน่วยที่เกี่ยวข้องอาจมีการฝึกเตรียมการใช้กำลังอยู่บ้างอันเนื่องมากจาก มีความล่อแหลมที่จะเกิดเหตุการณ์ลักษณะการปล้นยึดอากาศยานของกองทัพอากาศเท่านั้น จนกระทั่งเหตุการณ์สำคัญ เมื่อ พ.ศ. 2524 ได้มีการปล้นยืดอากาศยาน ของสายการบิน การูด้า ของประเทศอินโดนีเซีย มาลง ณ ท่าอากาศยานดอนเมือง กรุงเทพ ฯ แต่มีการใช้กำลังในท้ายที่สุด เพื่อยุติเหตุการณ์ โดยการปฏิบัติของกองทัพอากาศร่วมกองทัพอินโดนีเซ๊ย ทำให้รัฐบาลไทยขณะนั้น ตระหนักโดยทันทีว่าภัยคุกคามนี้ได้มาถึงแล้ว จึงได้สั่งการให้มีการจัดตั้ง คณะกรรมการนโยบายและอำนวยการแก้ไขปัญหาการก่อการร้ายสากล ขึ้น และได้มีการกำหนดลักษณะสำคัญของการก่อการร้ายสากล ตลอดจนแนวทางปฏิบัติของหน่วยงานต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้อง ตั้งแต่ในขั้นเตรียมการ ปฏิบัติการ ฯลฯ ทั้งนี้ตามคำสั่งลงวันที่ 1 ก.พ. 2526 ได้สั่งการให้กองทัพบก กองทัพเรือ กองทัพอากาศ และตำรวจ ได้ดำเนินการคัดสรรบุคลากรที่มีความสามารถ เพื่อประกอบกำลังในการแก้ไขปัญหาการก่อการร้ายดังกล่าวด้วย

กรมตำรวจ จึงได้พิจารณาหน่วยงานที่มีขีดความสามารถสูง และมีอาวุธยุทโธปรณ์เพียงพอ จึงได้พิจารณาสั่งการให้ กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน รวบรวมข้าราชการตำรวจที่สมัครใจเข้ารับการฝึกฝนเพื่อเป็นบุคลากรของหน่วยปฏิบัติการพิเศษที่จะตั้งขึ้นนี้ โดยอาศัยครูฝึกของกองกำกับการสนับสนุนทางอากาศ กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน เป็นหลักในการดำเนินการฝึก และเริ่มการฝึกโดยใช้พื้นที่ของ กองกำกับการสนับสนุนทางอากาศ (ค่ายนเรศวร) อ.ชะอำ จว.เพชรบุรี และเริ่มการฝึกครั้งแรกเมื่อ 19 ก.ย. 2526 จนได้รับคำสั่งอนุมัติให้จัดตั้งหน่วยใน วันที่ 18 ธ.ค. 2527 เป็นหน่วยงานพิเศษในสังกัดกองกำกับการสนับสนุนทางอากาศตำรวจตระเวนชายแดน ต่อมาปลายปี 2529 ตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย ฉบับที่ 14 หน่วยปฏิบัติการพิเศษนเรศวร 261 ได้รับการบรรจุเข้าเป็นส่วนราชการระดับ กองร้อย ในอัตราการจัดของกองกำกับการสนับสนุนทางอากาศตำรวจตระเวนชายแดน คือ กองร้อยที่ 4 กองกำกับการสนับสนุนทางอากาศ กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน ต่อมาในปี 2548 ได้มี พ.ร.ฎ.แบ่งส่วนราชการสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ได้ยกฐานะขึ้นเป็นหน่วยระดับ " กองกำกับการ " คือ " กองกำกับการ 3 กองบังคับการสนับสนุนทางอากาศ กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดน " มาจนปัจจุบัน