กองกำกับการ 3 กองบังคับการสนับสนุนทางอากาศ หรือหน่วยปฏิบัติการพิเศษ นเรศวร 261 มีภารกิจด้านการปฏิบัติการต่อต้านการก่อการร้ายสากลและการก่อการร้ายในเมืองทุกรูปแบบ นอกจากนั้นยังมีภารกิจการถวายความปลอดภัยแด่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ สมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถและ พระบรมวงศานุวงศ์ เมื่อเสด็จแปรพระราชฐานประทับแรม ณ พระตำหนักต่าง ๆ ทั่วประเทศ รักษาความปลอดภัยบุคคลสำคัญ และสถานที่สำคัญซึ่งมีผลกระทบต่อความมั่นคงของชาติ งานเก็บกู้และทำลายวัตถุระเบิด และงานกู้ภัยทางยุทธวิธี มีโครงสร้างการจัดหน่วยประกอบด้วย กองร้อยปฏิบัติการพิเศษ (ร้อย ปพ.) จำนวน 3 กองร้อย, กองร้อยกู้ชีพ และงานเก็บกู้และทำลายวัตถุระเบิด