นำพืช ผัก หรือผลไม้สับให้เป็นชิ้นเล็ก ๆ ใส่ในภาชนะปิดฝาให้มิดชิด จากนั้นผสมกับกากน้ำตาล ซึ่งน้ำตาลอาจเป็นน้ำตาลที่ใช้กันปกติ หรือน้ำตาลทรายแดง หรือน้ำตาลทรายขาว ในอัตราส่วน 3 กิโลกรัม ต่อน้ำตาล 1 กิโลกรัม แล้วคลุกเคล้าให้เข้าและปิดฝาทิ้งไว้ ทุก ๆ 5-7 วัน ควรเปิดฝาภาชนะ เพื่อคลุกให้เศษผักสัมผัสกับอากาศ ซึ่งจะหมักทิ้งไว้ประมาณ 1-2 เดือนเมื่อครบกำหนดแล้วจะสังเกตเห็นว่ามีน้ำผสมอยู่ ซึ่งน้ำที่ได้ก็คือน้ำหัวเชื้อจุลินทรีย์ เมื่อได้น้ำหัวเชื้อจุลินทรีย์แล้วควรนำน้ำหัวเชื้อจุลินทรีย์ที่ได้ เก็บใส่ไว้ในขวดปิดฝาให้สนิท พร้อมที่จะนำไปใช้ในการทำมันหมักหรืออาหารสัตว์ประเภทอื่น