นายบดี จุณณานนท์ สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรีจากคณะพาณิชยศาสตร์และการบัญชี จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (รุ่นที่ 14) ซึ่งนายบดี ได้รับรางวัลศิษย์เก่าดีเด่นในปี พ.ศ. 2529[3]ระดับปริญญาโท สาขาบริหารธุรกิจ จาก Wayne State University

นอกจากนี้นายบดี จุณณานนท์ ยังได้รับปริญญาปรัชญาดุษฎีบัณฑิตกิตติมศักดิ์ สาขาวิชาเศรษฐศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยรามคำแหง และผ่านการศึกษาอบรมหลักสูตรของวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร อีกด้วย