ปัญหาของดอกบรอกโคลีหลังการเก็บเกี่ยวก็คือ จะเกิดการเปลี่ยนสีของดอกเร็วมาก โดยเฉพาะดอกที่ดอกย่อยใกล้จะบานก่อนที่จะตัดออกมา คือเมื่อดอกย่อยที่เป็นสีเขียวบาน จะกลายเป็นสีเหลืองทำให้ขายไม่ได้ราคา บางทีหลังจากตัดออกมาเพียงชั่ววันหรือคืนเดียว ดอกย่อยก็จะบานเหลืองดูคล้ายกับผักไม่สด สาเหตุเป็นเพราะอุณหภูมิร้อนเกินไป การทำให้อุณหภูมิต่ำสามารถเก็บรักษาคุณภาพและยืดอายุของผักได้ดีกว่า ซึ่งทำได้โดยเก็บรักษาบรอกโคลีไว้ที่อุณหภูมิต่ำ 1 - 10 องศาเซลเซียส เติมคาร์บอนไดออกไซด์เข้าไป 10% แล้วเก็บเอาไว้เป็นเวลาถึง 28 วัน ดอกก็ยังคงมีสีเขียวราวกับเพิ่งตัดจากสวนใหม่ ๆ ซึ่งชาวสวนหรือผู้ทำการขนส่งที่ต้องเก็บรักษาคุณภาพได้นานวันกว่าปกติ อาจทำได้โดยป้องกันไม่ให้อากาศร้อนมากเกินไปก็คงจะพอช่วยได้บ้าง