รัฐมาร์เกรฟบรันเดินบวร์คเป็นศูนย์กลางของสาขาหลักของ ราชวงศ์โฮเอ็นโซลเลิร์นมาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1415 ประมุขของรัฐมีตำแหน่งอันมีเกียรติเป็นเจ้านครรัฐผู้คัดเลือกจักรพรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์มาตั้งแต่ปี ค.ศ. 1356

ดัชชีปรัสเซียก่อตั้งขึ้นโดยการสลายตัวของคณะอัศวินทิวทอนิกเป็นรัฐที่ขึ้นต่อราชอาณาจักรโปแลนด์ ปกครองโดยอัลเบรชท์ ดยุกแห่งปรัสเซียผู้เป็นสมาชิกของสาขาของราชวงศ์โฮเอ็นโซลเลิร์น หลังจากอัลเบรชท์เสียชีวิตในปี ค.ศ. 1568 ราชอาณาจักรก็ตกไปเป็นของอัลเบรชท์ ฟรีดริชผู้ไม่ทรงสามารถปกครองอาณาจักรได้ ปรัสเซียจึงต้องปกครองโดยผู้สำเร็จราชการเกออร์ก ฟรีดริช ( ค.ศ. 1577–1603) และโยอาคิม ฟรีดริช (ค.ศ. 1603–1618)

เมื่อธิดาของอัลเบรชท์ ฟรีดิชสมรสกับโยฮันน์ ซีกิสมุนด์ บุตรของโยอาคิม ฟรีดริช และสาขาหลักของราชวงศ์โฮเอ็นโซลเลิร์นในเบอร์ลินได้รับสิทธิในการครองดัชชี ผู้คัดเลือกแห่งบรันเดินบวร์คจึงได้รับดัชชีปรัสเซียเมื่ออัลเบรชท์ ฟรีดริชเสียชีวิตในปี ค.ศ. 1618 แต่ดัชชียังคงมีฐานะเป็นเมืองประเทศราชของราชบัลลังก์โปแลนด์มาจนถึงปี ค.ศ. 1657

ระหว่างรัชสมัยอันขาดสมรรถภาพของเกออร์ก วิลเฮล์ม (ค.ศ. 1619–1640) ราชวงศ์โฮเอ็นโซลเลิร์นก็ได้รับความกระทบกระเทือนอย่างหนักระหว่างสงครามสามสิบปี สวีเดนบังคับให้เกออร์ก วิลเฮล์มเป็นพันธมิตร จากนั้นสวีเดนก็ยึดครองดินแดนส่วนใหญ่ของบรันเดินบวร์ค-ปรัสเซีย ซึ่งเป็นผลทำให้กองทัพโรมันคาทอลิกเข้าทำลายบรันเดินบวร์คและดินแดนของโฮเอ็นโซลเลิร์นครั้งแล้วครั้งเล่า ฟรีดิช วิลเฮล์มผู้ครองรัฐต่อจากกออร์ก วิลเฮล์ม ทำสัญญาสงบศึกกับสวีเดน แม้ว่าสวีเดนจะยึดครองดัชชีพอเมอเรเนีย แต่บรันเดินบวร์คมีสิทธิในการสืบครองหลังจากการเสียชีวิตของดยุกผู้ไม่มีทายาทโบกิสลอว์ที่ 14 ในปี ค.ศ. 1637 ฟรีดิช วิลเฮล์มไปเป็นพันธมิตรกับสาธารณรัฐดัตช์ ในปี ค.ศ. 1648 สนธิสัญญาสันติภาพเวสต์ฟาเลียและการสนับสนุนของดัตช์ทำให้ฟรีดริช วิลเฮล์มได้รับฟาร์เทอร์พอเมอเรเนีย รัฐมุขนายกฮัลเบอร์ชตัดท์ และราชรัฐมุขนายกมินเดิน และสิทธิในการสืบครองราชรัฐอัครมุขนายกมัคเดอบวร์ค การตกลงเรื่องเขตแดนพอเมอเรเนียกับสวีเดนก็มาสำเร็จลงด้วยการลงนามในสนธิสัญญาสเทททิน (ค.ศ. 1653) เมื่อมาถึง ค.ศ. 1680 ดินแดนเหล่านี้และรัฐมุขนายกคัมมินก็ได้รับการรวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของบรันเดินบวร์ค-ปรัสเซีย

ในช่วงที่โปแลนด์มีปัญหากับสวีเดนระหว่างสงครามเหนือ (Northern Wars) ฟรีดิช วิลเฮล์มฉวยโอกาสขออิสรภาพแก่ปรัสเซียแก่บรันเดินบวร์คจากพระเจ้า Władysław IV Vasa แห่งโปแลนด์สนธิสัญญาเวห์เลาในปี ค.ศ. 1657 สิทธิของราชบัลลังก์โปแลนด์หมายความว่าดัชชีจะกลับไปเป็นของโปแลนด์ถ้าราชวงศ์โฮเอ็นโซลเลิร์นสิ้นสุดลง ข้อแม้นี้ได้รับการต่ออายุทุกครั้งที่แต่ละประเทศเปลี่ยนประมุขมาจนถึงปี ค.ศ. 1700.

ในปี ค.ศ. 1675 พระเจ้าจอห์นที่ 3 โซบิเอสกีแห่งโปแลนด์ทำสัญญาลับกับฝรั่งเศส โดยโปแลนด์จะโจมตีปรัสเซียขณะที่ฝรั่งเศสสร้างความกดดันต่อจักรวรรดิออตโตมันให้คืนดินแดนให้แก่เครือจักรภพโปแลนด์-ลิทัวเนีย เมื่อความขัดแย้งกับออตโตมันสิ้นสุดลง โปแลนด์ก็สามารถโจมตีบรันเดินบวร์ค หรือออสเตรียศตรูของฝรั่งเศสได้ แต่แผนการของโซบิเอสกีได้รับการคัดค้านจากพระสันตะปาปา และจากชนชั้นนำของโปแลนด์เองที่เห็นว่าออตโตมันเป็นภัยมากกว่า และจากขุนนางโปแลนด์ที่ได้รับการติดสินบนจากเบอร์ลินและเวียนนา ฉะนั้นแผนของโซบิเอสกีจึงประสบความล้มเหลวตั้งแต่ยังไม่ได้ลงมือ[1]

การที่ที่ตั้งของดัชชีปรัสเซียตั้งอยู่ภายนอกจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ — ที่อาณาจักรที่อยู่ภายในด้วยกันไม่มีรัฐใดที่สามารถเรียกตนเองว่าเป็นกษัตริย์ได้นอกไปจากประมุขของโบฮีเมีย — ทำให้ฟรีดริชที่ 3 แห่งบรันเดินบวร์คกลายเป็น "กษัตริย์ในปรัสเซีย"ในปี ค.ศ. 1701 เป็นการแลกเปลี่ยนกับการให้ความช่วยเหลือต่อจักรพรรดิเลโอโพลด์ที่ 1 ในสงครามสืบราชบัลลังก์สเปน ซึ่งเป็นตัดขาดจากโปแลนด์ และเป็นกษัตริย์ปรัสเซียองค์แรกที่เป็นประมุขคนสุดท้ายของบรันเดินบวร์ค-ปรัสเซีย ผู้ตรัสภาษาโปแลนด์ได้อย่างคล่องแคล่ว ในปี ค.ศ. 1773 อดีตดัชชีก็ได้รับการจัดให้เป็นมณฑลอีสต์ปรัสเซีย ขณะที่ส่วนใหญ่ของมณฑลรอยัลปรัสเซียกลายเป็นเวสต์ปรัสเซีย ในปี ค.ศ. 1815 บรันเดินบวร์คก็ได้รับการจัดใหม่ให้เป็นมณฑลบรันเดินบวร์คของปรัสเซีย