เนื่องจากบัณฑิตวิทยาลัย ต้องให้บริการแก่คณะและหน่วยงานต่างๆ ภายในมหาวิทยาลัยมหิดล ดังนั้น เพื่อการบริการที่รวดเร็วและทั่วถึง จึงได้จัดตั้งที่ทำการสาขาย่อยไว้ตามสถานที่ต่าง ๆ เพื่อสะดวกในการให้บริการ ได้แก่

• สำนักงานคณบดีบัณฑิตวิทยาลัย

ที่อยู่ : อาคารบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล ถนนพุทธมณฑลสาย 4 ตำบลศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม 73170โทรศัพท์ : 0-2441-4125 (อัตโนมัติ 15 เลขหมาย)โทรสาร : 0-2441-9737

• บัณฑิตวิทยาลัย สาขาทันตแพทยศาสตร์
  

ที่อยู่ : อาคารศูนย์การเรียนรู้และนันทนาการ คณะทันตแพทยศาสตร์ ถนนโยธี แขวงทุ่งพญาไท เขตราชเทวี กรุงเทพฯ 10400 โทรศัพท์ : 0-2354-0956-7โทรสาร : 0-2354-0957

• บัณฑิตวิทยาลัย สาขาคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล

ที่อยู่ : ชั้น 3 อาคารรักษ์สิ่งแวดล้อม คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล เลขที่ 2 ถนนพรานนก แขวงศิริราช เขตบางกอกน้อย กรุงเทพฯ 10700โทรศัพท์ : 0-2411-2002, 0-2419-9484, 0-2419-9485โทรสาร : 0-2419-9485

• บัณฑิตวิทยาลัย สาขาศาลายา

ที่อยู่ : ชั้น 3 อาคารบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหิดล ถนนพุทธมณฑลสาย 4 ตำบล ศาลายา อำเภอพุทธมณฑล จังหวัดนครปฐม 73170โทรศัพท์ : 0-2441-4125 (อัตโนมัติ 15 เลขหมาย)โทรสาร : 0-2441-9737

• บัณฑิตวิทยาลัย สาขาคณะวิทยาศาสตร์

ที่อยู่ : ชั้น 1 ตึกวิจัย(R) คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ถนนพระราม 6 แขวงทุ่งพญาไท เขตราชเทวี กรุงเทพฯ 10400โทรศัพท์ : 0-2201-5206-7, 0-2354-7176โทรสาร : 0-2354-7173