สภามหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ในคราวประชุมครั้งที่ 77/2505 เมื่อวันที่ 28 มีนาคม พ.ศ. 2505 มีมติรับหลักการ โครงการจัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัย และสภาการศึกษาแห่งชาติ ได้รับหลักการ เมื่อวันที่ 12 กันยายน พ.ศ. 2505

ต่อมาเมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2507* บัณฑิตวิทยาลัย จึงได้รับการ จัดตั้งอย่างเป็นทางการ โดยพระราชกฤษฎีกา จัดตั้งบัณฑิตวิทยาลัย มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ และเปิดรับนักศึกษาครั้งแรก ในภาคต้นปีการศึกษา 2505 นั้นเอง (* ครบรอบ 50 ปี เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ 2557)

เนื่องจากบัณฑิตวิทยาลัย ได้จัดตั้ง ขึ้นเป็นหน่วยงานระดับคณะ เมื่อครั้ง มหาวิทยาลัยมหิดล ยังมีชื่อว่า มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ ดังนั้น ภารกิจ ที่กำหนดไว้ เมื่อแรกตั้ง จึงมุ่งเน้น เป็นแหล่งผลิต อบรม แพทย์เฉพาะทาง ในประเทศไทย และเป็นแหล่งผลิตอาจารย์ ให้โรงเรียนแพทย์ รวมถึงอาจารย์ ที่จะสอนในคณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ โดยเฉพาะในสาขาวิชาทางด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์พื้นฐาน ซึ่งเป็นสาขาวิชาที่ขาดแคลน รวมทั้งส่งเสริมและสนับสนุนให้เกิดการค้นคว้าและวิจัย ปัญหาทางการแพทย์ และการสาธารณสุข

งานด้านบัณฑิตศึกษา ในระยะเริ่มแรก ได้รับความช่วยเหลือ ด้านการจัดการเรียนการสอน จากมูลนิธิร็อกกี้เฟลเลอร์ ที่คณะวิทยาศาสตร์ ในสาขาวิชา ทางด้านวิทยาศาสตร์การแพทย์ ซึ่งจัดการเรียนการสอน ในลักษณะหลักสูตรนานาชาติ เนื้อหาหลักสูตร ของต่างประเทศ ใช้ภาษาอังกฤษ ในการเรียนการสอน และมีชาวต่างประเทศ เข้ามาร่วมศึกษา จากปี พ.ศ. 2505 จนถึงปัจจุบัน จำนวนหลักสูตร ระดับบัณฑิตศึกษา ได้เพิ่มขึ้นเป็นจำนวน 275 หลักสูตรสาขาวิชา กระจายอยู่ ในกลุ่มสาขาวิชาต่างๆ ดังนี้

1. กลุ่มวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
2. กลุ่มวิทยาศาสตร์การแพทย์คลินิก
3. กลุ่มสาธารณสุขศาสตร์
4. กลุ่มสังคมศาสตร์มนุษยศาสตร์และศิลปศาสตร์
5. กลุ่มภาษาศาสตร์ วัฒนธรรมและการศึกษา
6. กลุ่มทรัพยากรและสิ่งแวดล้อม [1]

ทำเนียบคณบดี

ในระยะเวลา 50 ปีที่ผ่านมา บัณฑิตวิทยาลัยได้รับการพัฒนา ภายใต้การบริหารงานของคณบดี 9 ท่าน คือ [2]