บัณฑูร สุภัควณิช เกิดเมื่อวันที่ 13 เมษายน พ.ศ. 2492 สำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขาวนศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2514 ระดับปริญญาโท ด้านรัฐประศาสนศาสตร์ จากมหาวิทยาลัยอีสเทิร์นเคนทักกี เมื่อปี พ.ศ. 2517 และเป็นเพื่อนร่วมรุ่นกับ พ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี[1] จากนั้นในปี พ.ศ. 2540 ได้ผ่านการศึกษาอบรมปริญญาวิทยาลัยป้องกันราชอาณาจักร (วปอ.) รุ่นที่ 39 และสำเร็จการศึกษาระดับปริญญาตรี สาขารัฐศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2545 จากมหาวิทยาลัยรามคำแหงอีกแห่งหนึ่งด้วย[2]

บัณฑูร สุภัควณิช มีบุตร 2 คน คือ นาย ณภัทร สุภัควณิช และนางดวงดาลัด สุธาธรรม[3]