ในช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ถึงแม้บริเวณรายรอบจะถูกโจมตีด้วยระเบิดจากนาซีเยอรมัน แต่นาฬิกาก็ยังเดินได้อย่างแม่นยำ ทว่าช่วงวันขึ้นปีใหม่ พ.ศ. 2505 เกิดหิมะตกหนักมากจนนาฬิกาตีบอกเวลาปีใหม่ช้าไป 10 นาที

เมื่อวันที่ 5 สิงหาคม พ.ศ. 2519 นาฬิกาหยุดทำงานครั้งใหญ่อันเนื่องจากกลไกการตีระฆังเสียหายเพราะโลหะเสื่อมสภาพตามกาลเวลา รัฐบาลจึงได้มีการปรับปรุง และแล้วเสร็จเมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม ในปีถัดมา ซึ่งในช่วงระหว่างนั้น แทนที่สถานีวิทยุบีบีซีจะได้ออกอากาศเสียงระฆัง กลับต้องใช้สัญญาณเวลาแทน

นาฬิกาหยุดทำงานอีกครั้งเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 2547 และหยุดอีกครั้งในสามสัปดาห์ให้หลัง หนึ่งปีหลังจากนั้นก็หยุดอีกเป็นเวลา 90 นาที เมื่อวันที่ 27 พฤษภาคม พ.ศ. 2548 โดยคาดว่าสาเหตุเนื่องจากอากาศในกรุงลอนดอนในขณะนั้นร้อนกว่าปกติ คือ 31.8 °C [17] อีก 5 เดือนถัดมา เมื่อวันที่ 29 ตุลาคม พ.ศ. 2548 นาฬิกาหยุดทำงานเพื่อซ่อมบำรุง นานถึง 33 ชั่วโมง[18]

เมื่อวันที่ 5 มิถุนายน พ.ศ. 2549 เวลา 14:00 น. (เวลามาตรฐานประเทศไทย) ตะขอแขวนระฆังเล็กใบหนึ่งสึกหรอจนต้องซ่อมแซมเป็นเวลา 4 สัปดาห์ และเมื่อเวลา 15:00 น. (มาตรฐานประเทศไทย) ของวันที่ 11 สิงหาคม พ.ศ. 2550 หอนาฬิกาหยุดการตีมหาระฆังเพื่อบอกชั่วโมงเป็นการชั่วคราว (ประมาณ 6 สัปดาห์) เนื่องจากกลไกในระฆังสึกหรอตามกาลเวลาเป็นอย่างมาก โดยบางชิ้นส่วนยังไม่ได้เปลี่ยนเลยตั้งแต่ที่สร้างหอ อนึ่ง นาฬิกาในหอยังคงทำงานต่อไปโดยใช้มอเตอร์ไฟฟ้าขับเคลื่อนแทนเครื่องกลของเดิม แผนการดังกล่าวเป็นการเตรียมการฉลองครบรอบ 150 ปี ของหอนาฬิกาพระราชวังเวสต์มินสเตอร์และมหาระฆัง[19]

ต่อมา ครั้นนางมาร์กาเร็ต แทตเชอร์ อดีตนายกรัฐมนตรีแห่งสหราชอาณาจักรถึงแก่อสัญกรรม เจ้าหน้าที่จึงได้จัดให้งดลั่นระฆังบนหอเมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2556 เพื่อเป็นการไว้อาลัยและเป็นส่วนหนึ่งของรัฐพิธี[20]

ช่วงเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2558 พบว่า นาฬิกาเดินเร็วไป 7 วินาที ทำให้ต้องถอนเหรียญออกจากนาฬิกาจนนาฬิกาเดินรวน[21] สองปีให้หลัง วันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2560 หอเอลิซาเบธงดการลั่นระฆังเกือบตลอดเวลา ยกเว้นเทศกาลสำคัญ เช่น วันขึ้นปีใหม่ เพื่อให้เจ้าหน้าที่บำรุงรักษากลไกนาฬิกา ตลอดจนถอดเข็มและหน้าปัดไปซ่อม คงเหลือแต่หน้าปัดหนึ่งหน้าที่แสดงเวลาผ่านทางมอเตอร์ไฟฟ้าตลอดเวลา[22][23][24]