บีกานามัยซินมีข้อบ่งใช้ในการรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินอาหารที่เกิดจากเชื้อแบคทีเรียที่ไวต่อยานี้ ทั้งแบบเฉียบพลันและเรื้อรัง[7][8] โดยขนาดยาบีกานามัยซินในผู้ใหญ่ คือ 1 – 1.5 กรัมต่อวัน โดยสามารถเพิ่มขนาดยาต่อวันได้สูงสุดถึง 4 กรัม (60 มิลลิกรัม/น้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม/วัน) และควรแบ่งยาให้วันละ 3 – 4 ครั้ง ในเด็กอายุ 2 – 12 ปี ขนาดยาที่แนะนำ คือ 40 มิลลิกรัม/น้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม/วัน ส่วนการใช้ยานี้ในเด็กอ่อนและทารกนั้นควรพิจารณาใช้เมื่อมีความจำเป็นเร่งด่วนและไม่มียาปฏิชีวนะอื่นได้ผลในการรักษา แต่การใช้ยาในกลุ่มผู้ป่วยกลุ่มนี้ควรได้รับการติดตามแลดูจากแพทย์อย่างใกล้ชิด